Las lagunas Mamancocha y Raupicocha son dos cuerpos de agua ubicados al Este del Centro Poblado Menor San Juan de la Libertad. La primera posee una extensión aproximada de 16 hectáreas, sus aguas con tonalidades verdes oscuras tienen una profundidad aproximada de 10 m, donde habitan peces como truchas y chalhuas; a un lado se encuentra la laguna Raupicocha naciente de la laguna Mamancocha, que tiene una extensión aproximada de 35.5 ha. con una profundidad aproximada de 5 m, ambas se constituyen en pintorescas lagunas altoandinas, cuyos afluentes subterráneos son alimentados por las lluvias de invierno. Las lagunas Mamancocha y Raupicocha se encuentran ubicadas en la región natural Puna (según Dr. Javier Pulgar y Vidal), durante el año su clima es frío, la temperatura media anual fluctúa entre 7°C y 10°C, máximas superiores a 12°C y mínimas invernales de -1°C a -3°C (enero - abril), y un clima seco durante los meses de mayo a octubre. La laguna Mamancocha se encuentra rodeada de montañas de gran pendiente las cuales revelan un paisaje con formas geológicas peculiares y ángulos panorámicos; en su visita resalta la necesidad de precaución debido al relieve accidentado de sus orillas a diferencia de la laguna Raupicocha, que muestra en sus orillas totorales que contribuyen a la biodiversidad de ella, y beneficia a los pobladores locales quienes la aprovechan para el techado de sus viviendas y como planta medicinal; observándose además la presencia de cerca de pequeños islotes que sirven de refugio para aves acuáticas, como la huachua (Oressochen melanopterus), leques (vanellus chilensis), gallaretas (Fulica), yanavicos (Plegadis ridgwayi), y en ciertas épocas las parihuanas (phoenicoparrus andinus), así como aves de montaña como jilgueros (carduelis carduelis), gorriones (Passer domesticus), cuculíes (zenaida meloda), halcones (falco peregrinus) y bandurria andina (Theristicus caudatus). En cuanto a la flora que coexistente entorno a las lagunas, se identifica variedad de flora como el ichu (spita ichu), diente de león (taxacum officinale), la taya (Caesalpinia spinosa), huamanpinta (chuquiragua spinosa), la pacha muña (hedeoma mandoniana wedd), ortiga colorada (Caiophora), ortiga negra (Urtica dioica), achicoria (Cichorium Intybus), warmi warmi, ortiga blanca (Lamium albun), escorzonera (Scorzonera hispanica), pomansisay, marco (Ambrosia Arborescens Miller), especies arbustivas como el quinual (Queñoal), pajonales (Calamagrostis) y totorales (Schoenoplectus californicus) que sirve como refugio para la avifauna del lugar, así como forraje para el ganado de pobladores del lugar. En cuanto a la fauna se identifica a la vizcacha (Lagidium viscacia), zorro andino (Pseudalopex culpaeus), ratón andino (Abrothrix andina), venado (Cervidae), gato andino (Leopardus jacobita), entre otros. En los alrededores de la laguna Raupicocha, existen áreas propicias para el esparcimiento de visitantes; por sus características, se constituye como un lugar ideal para desarrollar actividades que van desde la pesca deportiva, ecoturismo y caminatas por sus alrededores.

Las lagunas de Mamancocha y Raupicocha se encuentran en buen estado de conservación y limpieza debido a la ausencia antrópica.