Su nombre original fue Rumi Tiana o RumI Pascana, que en quechua significa "Asiento de Piedra". Formación rocosa de origen volcánico. Ubicado en la parte alta a inmediaciones de la Plaza de Armas, constituye un elemento plenamente integrado al espacio y paisaje urbano. Los colonos la llamaron en un inicio "San Francisco de Monte Alberna". La colina Santa Apolonia es un mudo testigo del encuentro de dos mundos, que incluso sirvió para que los conquistadores españoles, en noviembre de 1532, lo usaran como punto estratégico para la captura del inca Atahualpa. Después llevó el nombre con el que actualmente se le conoce como Santa Apolonia, por haber sido sede de una capilla en honor a la Santa del mismo nombre. En tiempos precolombinos, esta colina en donde se alza la capilla, fue una venerable Huaca, dedicada al culto de los muertos. En la parte superior de esta formación se hallan los restos de lo que se supone fue un adoratorio, denominado comúnmente "Silla del Inca”. A decir de algunos cronistas, lo que se conoce como silla del inca sirvió para que los sacerdotes del Imperio Inca realicen rituales o pagos a la Pachamama. Se convierte en un excelente mirador natural, desde el cual se aprecia la ciudad y el valle Cajamarquino. Actualmente está administrado por la Municipalidad Provincial de Cajamarca, encargándose de su mantenimiento y cuidado. Las excavaciones arqueológicas durante las temporadas 2021 y 2022 han permitido caracterizar este sitio como un importante centro ceremonial pre inca con más de 2000 años de ocupación cultural. El inicio de su ocupación se da durante el periodo formativo (1500-50 a.C.), contemporáneo con sitios como Huacaloma, Layzón, Cumbemayo, Kuntur Wasi, Pacopampa, entre otros. Sin embargo, su mayor ocupación se da durante el desarrollo cultural Caxamarca (50 a.C.-1470 d.C.), siendo su etapa de apogeo en la fase Media (450-900 d.C.). Durante esta ocupación la Colina Santa Apolonia fue escenario de reuniones y festines donde la antigua población Caxamarca se congregó como parte de actividades comunales, políticas y ceremoniales. La cima de la colina fue el área pública que congregó a la población que llegó a este sitio, mientras que las laderas fueron áreas de producción de alimentos y objetos suntuarios ofrecidos en las ceremonias realizadas en la cima. La importancia de Santa Apolonia transcendió fronteras, a tal punto de registrar ofrendas de la costa, sierra sur, selva y valles al norte de Cajamarca, que junto a la presencia de fauna y flora exótica reafirma la intención de obtener productos de largas distancias para servirlos en ocasiones especiales, reafirmando la función ceremonial de este lugar. En el año 2021 se llevó a cabo la intervención arqueológica con la participación de la Municipalidad Provincial de Cajamarca, Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo - AECID, Universidad de Harvard y la Escuela Taller San Antonio de Cajamarca, encontrando hallazgos pre incas de la cultura local Caxamarca, como restos de estructuras de cocinas, comedores, muros de habitaciones, restos de batanes, cerámica utilitaria, obsidiana empleada en cuchillos, agujas y torteros. Restos óseos de animales como camélidos (llamas y alpacas) y cuyes, restos de alimentos provenientes de la costa como conchas, palabritas de abanico y uñas de cangrejo, surgiendo la idea de que los Caxamarcas tenían conexión económicas y políticas con culturas de la costa y que sigue perenne hasta la época de la alianza de los Caxamarcas y Chimú en contra de los Incas.

Ha sido considerado Patrimonio Cultural de la Nación con RD Nº 034-94-INC/FC/D, 31 de octubre de 1994

Se encuentra en buenas condiciones de conservación y limpieza a cargo de la Municipalidad Provincial de Cajamarca.

Se ubica en la parte alta de la ciudad (Plaza de Armas) el ascenso se realiza por una escalinata del Jr. Dos de Mayo.