La Laguna Marcapomacocha se encuentra ubicada a un lado del Pueblo de Marcapomacocha; a una altitud de 4435 m.s.n.m., por cual se ubica en la región natural Puna que comprende desde los 4000 m.s.n.m. hasta los 4800 m.s.n.m. (según Pulgar y Vidal). Este espejo de agua tiene una extensión de 6,700 m. largo por 2,033 m. de ancho, con una profundidad máxima de 20 a 30 m; Sus aguas son de color azul claro; con una temperatura que oscila entre 0 °C por la noche y 7 °C durante el día; alimentada por las vertientes de las lagunas Antacoto, Cuyo, Ancococha y Marcacocha; su capacidad de almacenamiento es de 120 millones de metros cúbicos de agua, la misma que abastece del líquido elemento a la Ciudad de Lima y Callao mediante canales y el túnel trasandino de 10 kilómetros hasta la planta de la Atarjea, uniendo sus aguas al rio Rímac. Este singular espejo de agua, a unos metros de la orilla muestra una pequeña isla rocosa, siendo hábitat de aves altoandinas. Las características de sus riberas comprenden pequeñas formaciones de cuerpos de agua, que presentan vegetación hidromórfica y zonas pantanosas. En tiempo de crecida, la laguna ocupa una superficie con ecosistema frágil de 1,241.90 ha. cuya área se inunda de manera intermitente; ciclo que lo hace esencial para una variedad de especies animales y vegetales que dependen de ella para su subsistencia; Marcapomacocha es un lugar ideal para la pesca de trucha arcoíris, encontrándose ejemplares que llegan a pesar un promedio de 6 kilos. La Laguna de Marcapomacocha es habitad de una variedad de avifauna constituida por la perdiz cordillerana, pato de puna, flamenco chileno, zambullidor plateado, estrella andina, gallareta, gaviota, huallatas, bandurrias, huashuas, entre otros; Con respecto a la fauna silvestre en el entorno de la laguna, encontramos diversas especies de interés como la taruca o “venado andino”," atoq" o "zorro andino" (Lycalopex culpaeus), vizcacha (Lagidium viscacia), puma, zorrillo; así mismo se puede apreciar ganado ovino, vacuno y camélidos (llamas, alpacas y vicuñas). Entre la flora circundante a la laguna podemos identificar el ichu (paja), huamanpinta, huajuro, garbanzo, variedad de cactus, turpo, huilahuila, escorzonera entre otros. La laguna Marcapomacocha fue incluida por “BirdLife International” del Reino Unido (organización dedicada a la conservación de la naturaleza), en la lista de Áreas Importantes para las Aves y la Biodiversidad (IBA por sus siglas en ingles). En esta zona se conoce de la presencia de 70 especies de aves, que incluyen especies globalmente amenazadas y endémicas.

El estado de conversación es muy bueno, debido a la importancia que la comunidad le otorga a la zona, ellos realizan quincenalmente jornadas de limpieza, para proteger el recurso y sobre todo a la flora y fauna que alberga.