La gruta de origen natural, San Pedro de Machay, forma parte del cerro Ratarmachay. En su composición geológica, se pueden encontrar calizas y dolomitas de colores gris y marrón claro, en estratos gruesos con presencia de Chert y concreciones calcáreas originarias del triásico superior. Esta gruta se encuentra en la región natural Puna bajo un clima frío y lluvioso con otoño e inviernos secos. Durante el transcurso del año, la temperatura generalmente varía de -1 °C a 14°C. Sus dimensiones aproximadas son de 3 metros de ancho por 2 metros de alto y 2 metros de profundidad. En su interior se puede encontrar la imagen del Santo San Pedro, pintado en la pared, y la formación de pequeñas estalactitas que le da un marco vistoso a la gruta. Cuentan los pobladores que en esta gruta traían la escultura del Santo San Pedro y posteriormente lo bajaban a la iglesia colonial de Ninacaca. Sin embargo, al día siguiente, misteriosamente la escultura apareció en la cueva nuevamente. De ahí que, en honor al Santo y el evento sucedido, los combarreanos de Yanayacu realizaron una pintura de su imagen en el interior de la gruta para venerarlo, siempre, en los meses de febrero y el 22 de junio de cada año, con flores y velas, ya que se dice que es muy milagroso. En el exterior de la gruta se encuentra una parada de descanso que es capaz de albergar aproximadamente a 60 personas, quienes llegan para la veneración. En el entorno del lugar se puede observar flora andina como el ichu, los quinuales y la escorzonera; y fauna andina como el acaclluy o pájaro carpintero de los Andes (Colaptes rupícola), el gorrión peruano (Zonotrichia capensis), el yuquish (Turdus chiguanco) y el liclish (Ptiloscelys resplendens), entre otras. Muy cerca al recurso se encuentra la cueva Pachapashimin, el Mirador del Cerro Ratarmachay y el centro urbano del distrito de Ninacaca. Para llegar a la gruta, se realiza una caminata de 25 minutos desde la Plaza principal de Ninacaca.

Bueno. La gruta mantiene su forma originaria natural. Sin embargo, la imagen de San Pedro superpuesta sobre una parte del interior de la gruta evidencia escrituras no presentables realizadas con pintura.