Se encuentra ubicado en el distrito y provincia de Manu, en la región natural de Selva Baja u Omagua, constituyéndose en la cuenca principal del Parque Nacional del Manu, en el cual se ha determinado un sector para su uso turístico, definido entre los Puestos de Vigilancia y Control Limonal y Pakitza con una longitud de 100 km. Es un río amazónico meándrico, que nace desde las montañas en los últimos contrafuertes de los Andes orientales, formándose completamente al interior del Parque Nacional, siendo una de las pocas cuencas protegidas en su totalidad; cuenta con afluentes importantes como el río Pinquén, Cumerjali, Pachija, Panagua, entre otros. Sus aguas son de color café, debido a la abundancia de materia orgánica y el lecho arcilloso de sus cabeceras. El sector de río Manu comprendido en la zona de uso turístico es navegable, donde se encuentra la exuberancia de la llanura amazónica peruana, desde el río se puede apreciar la alta diversidad de flora y fauna silvestre, en la temporada de secas (abril a octubre) se forman playas fluviales donde se puede observar una abundante fauna como bandadas de rayadores, aves playeras, cormoranes, paujiles y jabirús. También es posible apreciar a los inmensos caimanes que se solean, o ronsocos, venados y tapires caminando, así mismo en los troncos de las riberas salen a solearse las taricayas, y eventualmente salen los otorongos, mayormente muy temprano por las mañanas. En ocasiones se pueden ver a algunas de estas especies nadando en el río, siendo un espectáculo asombroso. Desde el río también se puede observar fauna en lo alto de las copas de los árboles, como aves perchadas acechando a sus presas como el águila arpía, también se pueden ver espectáculos de los primates como los maquisapas, monos aulladores, frailesitos, entre otros. Los conocedores de la flora también disfrutan ver los bosques desde el río, ya que se distinguen las sucesiones de bosque desde las orillas, así como árboles de gran importancia ecológica y económica (maderables) como el cedro, ceibas, shihuahuacos, entre otros. Toda esta biodiversidad es de gran interés para los turistas amantes de la naturaleza.

Es una de las pocas cuencas hidrográficas, que está conservado en su totalidad ya que desde su formación en las cabeceras hasta su desenbocadura, se encuentran al interior del Parque Nacional del Manu.

Muy bueno. Conserva su estado natural y no presenta contaminación.