Cuando Piura aún no existía, hace más de 475 años, existía una capilla pequeña fabricada de caña y barro, dedicada a Santa Lucía y estaba enclavada en lo que hoy es la residencia de los Misioneros Redentoristas. Ya con la fundación de Piura, nace la que sería durante 4 largos siglos, la Iglesia San Sebastián, sustituyendo a aquella humilde y sencilla capilla de Santa Lucía. La iglesia, en el año 1620 aproximadamente también era llamada San Sebastián de Los Indios, porque servía de templo para los indígenas en el que recibían el catecismo y los sacramentos. Fue siempre el templo de gente sencilla. La estructura actual, fue construida el año 1940. Inicialmente, fue una capilla de madera con dos torres principales de manera diagonal. Posteriormente en el año 1950 con apoyo de las familias más reconocidas de Piura, se logró diseñar y mejorar la iglesia que hasta ese entonces era bastante modesta. Las modificaciones incluyeron instalación de piezas de mármol y pepelmas, traídas exclusivamente de Italia por el padre redentorista y también arquitecto, Salvador Meschino, quién estaba convencido en que la Virgen del Perpetuo Socorro, necesitaba una casa más bonita. Hoy en día, el pueblo de Piura sigue llamando Iglesia de San Sebastián al actual Santuario de la Virgen del Perpetuo Socorro por el mucho cariño piurano que tenía aquella famosa iglesia. Los fieles de todo el Norte buscan en este templo la imagen de ojos grandes y mirada candorosa de la Virgen de Perpetuo Socorro, que talla de estilo bizantino. En cuanto a su estructura interna, cuenta con un altar de 20 metros de altura aproximadamente,en el que resalta la imagen de la Virgen del Perpetuo socorro y en la parte posterior en el altar mayor lucen 3 viltrales alusivos a la pasión de Cristo. Así mismo, se puede distinguir 3 naves en su altar; la nave izquierda perteneciente a la sacristía, la nave derecha es alusiva a San Gerardo Mayela y la nave central, que es dónde se encuentra dos púlpitos tallados y enchapado en madera. Los corredores del primer y segundo nivel del recinto está acompañado de vitrales que representan diferentes santos, estampas de la vida religiosa y/o redentorista. Con respecto a la fachada, tiene una altura de 45 metros aproximadamente, en la cual resalta un balcón de diseño bizantino y tres majestuosos vitrales alusivos a la virgen.

Según la historiadora y gestora cultural Mariella Bereche, el Santuario Virgen del Perpetuo Socorro, es el único de la provincia de Piura que cuenta con una cripta.

Se encuentra en buen estado. El recinto está a cargo de los Misioneros Redentoristas, quienes se encargan de su mantenimiento continuo.