Inaugurado el 18 de noviembre de 1999, junto a la Capitanía Naval, por la Dirección de Intereses Marítimos de La Marina de Guerra del Perú, como Museo Naval - Sede Puno “Capitán de Fragata Manuel Mariano Melgar Vega” a solicitud del Capitán de Fragata Dane Markovinovic Ramos, en ceremonia especial y con presencia de las principales autoridades políticas y militares. La finalidad de creación del museo es promover el desarrollo de una sólida conciencia marítima y una apropiada cultura marítima nacional, asegurando la identificación de la población con el mar, ríos, lagos y las actividades que en ellos se desarrollan. El Museo muestra objetos, maquetas y fotografías de la historia naval y náutica del lago Titicaca, teniendo como legado histórico los buques a vapor que han surcado sus aguas, siendo las más renombradas: El “Independencia”, “La Aurora del Titicaca” que en 1877 chocó contra la Isla Amantani en la rada de Surupe, en 1872 “Yavari” y “Yapura” inician su navegación, significando un importante impulso al desarrollo comercial y económico para Puno. También navegaron el buque de vapor “Coya”, el “Inca” que lamentablemente fue vendido a una empresa fundidora de metales, además de “Ollanta” y “Manco Capac”. El amplio acervo histórico que tiene el lago Titicaca en material naval, hizo posible su apertura, recolectando 183 piezas, que a partir de la inauguración pertenecen al museo Naval del Perú en servicio a la ciudadanía Puneña. Entre el patrimonio que conforma el Museo Naval de Puno, se encuentra todo el relato de documentos de la historia marítima, como la historia del inicio de nuestro lago Titicaca, desde las épocas incaicas, colonial, independencia, contemporánea, hasta nuestros días. También en el interior del museo se observa maquetas de embarcaciones, como el Vapor Yavarí 1862, Huáscar 1864, B.A.P. Puno, la espada honorífica del Almirante Miguel Grau, y otros patrimonios. El visitante aprenderá de muy buena fuente la historia náutica del lago Titicaca y sobre todo comprender su denominación como lago navegable más alto de Mundo.

Bueno, recibe mantenimiento por parte de la Capitanía Naval de Puno.

El ingreso al Museo es gratuito y el tramo al Museo Naval de Puno se conecta con el Puerto de la ciudad.