La Iglesia San Juan Bautista de Chupaca se ubica en el lado noroeste de la Plaza de Independencia de la ciudad de Chupaca; considerada una de las más antiguas e importantes del valle del Mantaro, no solo por su valor religioso, sino también por su relevancia histórica dentro de la identidad chupaquina. La fundación de la iglesia se remonta a los primeros años de la colonización española, cuando religiosos dominicos, dedicados a la evangelización en esta parte del valle, establecieron reducciones indígenas en zonas estratégicas para su conversión al cristianismo. Chupaca, por su ubicación privilegiada y su organización prehispánica, fue elegida como cabecera de doctrina, construyéndose en el siglo XVI una primera capilla dedicada a San Juan Bautista. Por el año 1550, se construye la primera iglesia de Chupaca a iniciativa del curaca Cristóbal Apolaya Chuquillanqui, con el apoyo de doña Inés Muñoz, originalmente edificado con adobe, piedra y techado de tejas, siguiendo el modelo tradicional de las iglesias andinas. A lo largo de los siglos, la iglesia ha sufrido diversas modificaciones estructurales debido a los sismos y al paso del tiempo, siendo restaurada en varias ocasiones sin perder su esencia colonial. Durante la lucha por la Independencia, y posteriormente en la Guerra con Chile, fue escenario de encuentros militares y resguardo de la población. El 20 de abril de 1882, durante la Batalla de Carato contra las tropas chilenas, la iglesia fue saqueada e incendiada frente a la impotencia de sus pobladores, quedando destruida. Sin embargo, gracias al impulso del Vicario José del Carmen Maravi, se inició su reconstrucción en 1895, la cual culminó parcialmente en 1919, ya en plena Época Republicana. Actualmente la fachada de la iglesia destaca por su sobriedad, de estilo colonial andino, con una portada de piedra labrada y portón de madera tallada de finos relieves que da acceso a un interior compuesto de una sola nave. Con dos torres a cada lado, construidas en piedra y adobe, la que se ubicada al lado derecho alberga sus campanas que aún repican durante las celebraciones litúrgicas. La planta del templo responde al modelo de cruz latina. El altar mayor es de estilo neobarroco, decorado con pan de oro y columnas salomónicas, resguarda el sagrario en su parte central, así como la imagen de San Juan Bautista, considerado protector de los agricultores, pastores y del pueblo chupaquino; a los costados existen cuatro altares, y dos en el transepto, donde se encuentran las imágenes de la Virgen de Fátima, la Virgen del Rosario, el Señor de los Milagros, el Niño Jesús de Praga, la Virgen de los Dolores y el Sagrado Corazón de Jesús, además de un coro alto desde donde, en festividades importantes, se entonan cantos litúrgicos tradicionales. El templo posee también una sacristía y espacios dedicados a la catequesis y organización parroquial. Una de sus intervenciones relevantes es la realizada entre 1996 y 1998 por la Municipalidad Provincial de Chupaca, que incluyó el cambio del techo, sustituyendo las tradicionales tejas por una estructura metálica con planchas acanaladas, además de la restauración del altar mayor y el piso. La Fiesta Patronal de San Juan Bautista, celebrada cada 24 de junio, es una de las manifestaciones más importantes de la religiosidad popular de Chupaca; en esta fecha, la iglesia se engalana con flores, velas y arcos ornamentales, mientras que la imagen del santo es llevada en procesión por las principales calles de la ciudad, acompañada por bandas de músicos, danzas típicas como los Shapishs y el Huaylarsh, así como por cuadrillas de fieles que expresan su devoción con plegarias y ofrendas. La Iglesia Matriz San Juan Bautista de Chupaca es actualmente administrada por la Arquidiócesis de Huancayo, manteniéndola en un buen estado de conservación, siendo el principal centro de la vida religiosa de la ciudad, así como un referente de la historia, arquitectura y cultura viva del valle del Mantaro.

La Iglesia Matriz de Chupaca fue declarada Monumento Histórico, mediante Ley N° 9194 del 31 de octubre de 1940.

Se encuentra en buen estado de conservación, gracias al cuidado constante de la Parroquia San Juan Bautista de la Arquidiócesis de Huancayo, así como de la Municipalidad Provincial de Chupaca.

Mediante Ordenanza Municipal N° 011-2023-A-MPCH, se declara de interés provincial la conservación, promoción y protección de la Iglesia San Juan Bautista de la provincia de Chupaca, que comprende habilitación presupuestal para su conservación y mantenimiento.