La tradición y culto al Sr. de Maynay, se remonta hace muchos años, en medio del sincretismo de los pueblos que transmitían oralmente sus historias. Esta se inicia, con la aparición de tres santos patrones, que animadamente conversaban a la luz de la luna vestidos de blanco, estos fueron observados por una persona muy adulta que había estado muy animado (ebrio) luego de una "zafa casa" en los bajíos de Huanta, a quienes les escucho dialogando "Tu hermano te vas a quedar acá en Maynay; tú te vas a Hatun Huayllay de Lircay y yo me voy a Acobamba" (Estos tres Señores serían los que hoy conocemos como "Señor de Wayllay", "Señor de Muruhuay" y "Señor de Maynay"). El viejito asustado salió corriendo del lugar, para contar la historia a sus familiares, que cuando regresaron solo pudieron ver una imagen de la cruz como empotrado en el árbol de molle más grande que había. La noticia se expandió por todo el valle y la población acudió para dar alabanzas y rendir honores al Señor.
El sacerdote ordenó llevarlos a la iglesia de Huanta, para celebrar misa al "Señor Aparecido", sin embargo, el Señor desapareció para volver a aparecer en el mismo lugar donde apareció, y así una y otra vez, hasta que en sueños le anunció al dueño del molle “por qué me llevan ustedes, Yo me llamo Señor de Maynay y quiero permanecer aquí, háganme una casita”. Desde aquel entonces el "Señor de Maynay" quedó allí en su capilla. La tradición oral de la gente del pueblo es muy variante en los detalles, pero tienen el mismo significado de la aparición.
Según Cavero (1957) sostiene que, se reveló a un viejo comerciante arriero que hacía viajes con sus acémilas a la costa de Ica para intercambiar frutas y coca con chalones, en el camino se vio sorprendido por una torrencial lluvia, entonces llega a hospedarse donde una persona adulta de género femenino, en donde diviso un galpón de gallinas con la imagen maltratada del Señor, él en sus sueños le reveló que lo llevara a un lugar denominado Maynay, donde hay buen maíz, precisamente en un lugar donde hay rocas y brota un manantial. Actualmente, detrás de la capilla, existe el único puquial debajo de las rocas que nunca se seca ni en época de sequía, que sirvió de consumo para los lugareños y su ganado en épocas atrás. Hoy en día ya hay tendido de agua potable, pero aún sirve de fuente de agua para el ganado. El viajero cumplió la orden del Señor, y lo dejo entre la roca y los molles para que la gente que pasaba siempre lo viera, y así fue acrecentándose la fe al Señor, también otros lugareños quisieron llevarlo a otra capilla, incluso a la Matriz de Huanta, sin embargo, el Señor les revelaba que quería quedarse en el lugar de Maynay, más preciso en lucma-pata, situado al lado del actual cementerio, lugar donde edificaron su capilla.
Hay otras versiones que afirman que el Señor había aparecido en el lugar donde se encuentra hoy la capilla, sea cual sea la versión verdadera, es que, con el paso del tiempo, la fama y devoción del Señor crecía milagrosamente, La antigua capilla fue edificada en el año 1812 (en la parte alta del arco de la puerta se describe que Melchor Palomino y Don Antonio Cárdenas naturales del pago de Pampachacra, quienes construyeron la capilla con mucho fervor religioso).
Actualmente, tiene un moderno santuario que terminó de edificarse en 1998, el cual está constituido por una iglesia, parque, lugar de culto y un arco en honor a este santo, dicho reciento fue construido por el desaparecido alcalde Milton Córdova La Torre, donde a diario concurren numerosos fieles, creyentes y visitantes a implorar y rendir homenaje a la milagrosa imagen del "Señor de Maynay", en compañía de la "Virgen de Dolores" y "San Juan". La visita al Santuario forma parte del recorrido tradicional del City Tour por la ciudad.