El río Mipaya se encuentra ubicado en la Región Natural de Bosque Tropical Amazónico, en la margen izquierda del Río Urubamba, su recorrido tiene una distancia total de 15.97 km. desde el encuentro de los ríos Tsironiato y Yari; a partir de este punto lleva el nombre de Mipaya. En temporada de sequía la profundidad máxima es de 8 metros y en temporada de lluvias llega hasta 20 metros. Rio navegable solo para embarcaciones de menor tamaño denominados Peque peque. Tiene presencia de Islas con bosques primarios y secundarios, algunas islas sirven como parcela de los pobladores; y sus riberas se caracterizan por tener playas de arena propios de la amazonia, lo característico de este río son sus aguas calmas y cristalinas durante gran parte del año, entre los meses de mayo a septiembre se aprecian los peces debido a la transparencia de sus aguas. En la parte baja se desarrolla la actividad turística ya que cuenta con pozos y playas vastas donde los visitantes y pobladores locales acuden a disfrutar de un refrescante baño, en este río también se practica la pesca artesanal con redes, lanza y anzuelos. En sus riberas viven comunidades ancestrales amazónicas de las etnias Matsiguenka, Asháninka y Kakinte; el principal poblado es la Comunidad Nativa de Pamencharoni, este siendo anexo de la Comunidad de Carpintero - Kirigueti, ellos se dedican principalmente a la agricultura como: Cacao (Theobroma spp.), Maíz (Zea mays), Plátano (Musa spp.), Yuca (Manihot esculenta), caza y pesca. Dentro de la fauna acuática viven peces como: Bagre (Plimelodus blochii), Bocachico (Prochilodus nigricans), Doncella (Pseudoplatystoma punctifer), Carachamas (Scualiforma emarginata), Sardinas (Triportheus angulatus), reptiles como: Caimán blanco (Caiman crocodilus), en sus riberas habitan mamíferos como: Sajino (Dicotyles tajacu), Venado colorado (Mazama americana), Majaz (Cuniculus paca), Tapir Americano (Tapirus terrestris), Jaguar (Panthera onca), Ocelote (Leopardus pardalis), aves como: Garza blanca grande (Ardea alba), Martin pescador grande (Megaceryle torquata), Tucán de garganta blanca (Ramphastos tucanus), flora con árboles maderables como: Lupuna (Ceiba pentandra), Shihuahuaco (Dypterix odorata), Palo blanco (Calycophyllum multiflorum), En el mes de setiembre se realiza la actividad de la pesca comunal, actividad que reúne a mucha gente local y visitantes regionales y nacionales.

Es el único río donde habitan 3 etnias amazónicas diferentes (Matsigenkas, Kakintes y Asháninkas)

Se encuentra en BUEN estado porque se encuentra al cuidado de las Comunidades Nativas de Carpintero-Kirigueti, Nuevo Mundo, Pamencharoni y la RESERVA COMUNAL MACHIGUENGA.