Al arribo de los dominicos a Zepita, en 1567 construyeron entre otros un templo, Garci Diez de San Miguel decía; “la iglesia de Zepita es buena y grande el cuerpo de ella y con hacer una capilla no hay necesidad de hacer otra”. En 1590 el corregidor Gabriel Montalvo realizo contratos con los maestros Giménez, López y Gómez para la conclusión del templo, terminando en el siglo XVII. Entre 1746 a 1757 el cura José de Urbina decía; “se fabricó de nuevo la parroquia de San Sebastián, adornado con cinco retablos nuevos, un sagrario de plata labrada y ornamentos sagrados”. En la visita que el Obispo de Puno realizo por primera vez a su nueva diócesis, estando el templo de San Sebastián “amenazando un pronto desplome y afín de salvar su techumbre que se encuentra en buen estado y los objetos que se hallan dentro de él”, ordeno que se usara una capilla contigua conocida con el nombre del Justo Juez para proceder inmediatamente a arreglar el templo con una construcción sólida, nuevos arreglos fueron realizados entre 1880 a 1890 incluyendo el repaje del templo, y la reconstrucción de los altares de la Exaltación y Justo Juez así como varias imágenes por el Maestro Gaspar Asero, mientras el Maestro Francisco Molina reparaba el órgano. En el siglo XX se decía que, las reparaciones y arreglos realizados han desvirtuado su concepción original. En la actualidad, en este templo se realizan los oficios religiosos para la población de Zepita.

Declarado Patrimonio Cultural de Nación con la R.S. N° 2900 – 72 – ED, del 28 de diciembre de 1972.

Regular: la torre se encuetra deteriorada