Ubicado en la margen derecha del valle medio del río Rímac, surgió en el Intermedio Temprano (entre los 200-730 d. C.) durante el período de la Cultura Lima, probablemente deshabitado entre los 730-1000 d. C., y posteriormente repoblada por el Señorío Ishma durante el Intermedio Tardío (1000-1450 d. C.), época de la que datan la mayoría de construcciones, presentando características arquitectónicas Ishma, como sus grandes ambientes amurallados en cuyo interior hay plazas con estrados a los que se acceden por escaleras. Estas plazas se conectan a otros muchos espacios similares, mediante pasajes y escaleras, a manera de laberinto, nombre de uno de los sectores más conocidos de esta zona arqueológica. Otra característica Ishma son las edificaciones piramidales entre los grandes conjuntos arquitectónicos; todo construido a base de adobes y adobones que cimentan las divisiones y edificaciones, por lo que destaca como el Centro Urbano Prehispánico de barro más grande de Lima Metropolitana. El área delimitada del sitio arqueológico por el Ministerio de Cultura es de 1'401.172.93 m². Cajamarquilla fue un centro administrativo, religioso, comercial, residencial y artesanal, ya que las evidencias arqueológicas señalan producciones de cerámica y textilería en las etapas Lima e Ishma. Según Ernest Middendorf, Cajamarquilla probablemente pudo albergar alrededor de 10 mil habitantes en su etapa de mayor apogeo, considerando su ubicación estratégica entre la costa central y los andes. Cajamarquilla está conformada por diversos sectores arquitectónicos denominados: Laberinto, Julio C. Tello, Sestieri y Villar Córdova, en honor a los investigadores de cada sector. La clasificación de los sectores, ha sido planteada de manera más clara por Alberto Bueno (1974-75), quien detalla: Sector Laberinto: La función de este sector habría sido ceremonial, según las evidencias de la gran plaza, donde se congregaba un número considerable de personas. La arquitectura general del sector es a base de tapiales, habiendo algunas edificaciones de dos niveles constructivos (a los que se accede mediante escalinatas), así como evidencias de caminos epimurales. Muelle: Se encuentra al sureste del sector Tello, este sector presenta una pequeña pirámide dominante, con una conglomeración de muros de adobones caídos, hacia el Este se encuentra el sector Laberinto, que está asociado directamente. Sestieri: Se encuentra al suroeste del sector Muelle, presenta una pirámide dominante, la parte superior presenta una planta cuadrangular formando por recintos de tamaño regular, hacia el norte y noreste del sector, encontramos muros que delimitan lo que probablemente puede ser plazas o patios, su técnica constructiva está a base de material de adobe y adobones, Villar Córdova: Se encuentra al oeste del sitio arqueológico Cajamarquilla, es una de las pirámides dominantes que se encuentra separada de las otras. Esta pirámide posiblemente presenta dos plataformas, en la parte superior se encuentra dividido por un posible pasadizo, al igual que los demás sectores, se encuentra conglomerados por gran cantidad de muros caídos, en el frontis, tanto al oeste como al norte, se encuentra plazas o patios delimitados por muros de larga extensión. Alrededor de la pirámide se observa recintos a base de adobes, adobones, yapanas y tapias. Tello: Se ubica al noreste de Cajamarquilla, orientada hacia el grupo Muelle, cercado por muros perimétricos de sección trapezoidal, destruido por la esquina suroeste por un huayco. Tiene un área aproximada de 5.928 metros cuadrados. Desde 1996 se vienen realizando diversas excavaciones e investigaciones a través del Proyecto de Investigación Arqueológica Cajamarquilla, permitiendo hallar varios contextos funerarios, en 2022 se hallaron 20 momias, incluyendo de niños, y en 2023 se hallaron restos de un adolescente Ishma.

La Zona Arqueológica de Cajamarquilla es el Centro Urbano Prehispánico de barro más grande de Lima Metropolitana, de acuerdo a lo publicado por el Ministerio de Cultura (2011).

Declarado como Patrimonio Cultural de Nación por el Ministerio de Cultura mediante la Resolución Directoral Nacional N° 082/INC de fecha 30 de enero de 2001 y mediante la Resolución Directoral Nacional N° 615/INC de fecha 5 de julio de 2002, se aprueba el expediente técnico (planos de delimitación, memoria descriptiva y ficha técnica).

Regular, el Sitio Arqueológico Cajamarquilla se encuentra en el proceso de su contribución de puesta en valor. Por lo tanto, las autoridades municipales y del estado se encuentran realizando actividades como jornadas de limpieza, activaciones culturales, programa de visitas guidas, entre otros.