La laguna de Pongos, se encuentra en el límite entre el piso ecológico Quechua y el inicio del piso ecológico Suni; al mismo tiempo geográficamente, se encuentra en el límite con las zonas de San Rafael del distrito de Molinos y San Juan de Uchubamba de distrito de Masma, las cuales pertenecen al piso ecológico de la Selva Alta o Rupa Rupa; por tanto, la laguna de Pongos, tiene un clima relativamente templado y cálido durante todo el año. Posee las siguientes dimensiones: longitud máxima de 0,81 Km o 806,91 m, ancho máximo 429,49 m, perímetro de 2,134.25 m y área de espejo de agua 147,449.84 m² o 0,15 Km² y una profundidad máxima de 23.27 m. Es una laguna con presencia de humedales a lo largo del año y densa vegetación boscosa en sus contornos, las cuales sirven como nidales para las aves y demás fauna silvestre, por lo mismo es un sitio ideal para el avistamiento de aves andinas y también aves migratorias que visitan la laguna en temporadas específicas.
En su entorno y a pocos metros de la laguna, existen antiguas construcciones circulares, caminos de piedra y corrales; que testimonian ocupación humana de larga data. Asimismo, existen grutas con vestigios de ocupaciones antiguas, donde a su vez los comuneros de Yauli se refugian en las temporadas que visitan la laguna para vigilar a su ganado. Es importante resaltar que en la zona existe la presencia de ganado vacuno en estado de semi-domesticación; pues si bien nacieron en establos, son liberados por sus dueños en la laguna de Pongos, a temprana edad, con el fin de que vivan en total estado de libertad hasta que se los requiera para vender, consumir o llevar a los más bravos a las corridas de toros que anualmente organiza la comunidad en sus festividades religiosas y aniversarios. Siendo esta, una práctica ancestral de la comunidad campesina de Yauli; la cual ha marcado buena parte de su identidad y folclore hasta la actualidad; así como múltiples relatos sobre toros de oro y tesoros que se encuentran en el fondo de la laguna y en sus alrededores.
La flora existente en los alrededores de la laguna está compuesta por zonas boscosas donde destacan arboles como el aliso o lambrán; así mismo se puede encontrar el arándano agraz o gongapa, también hay presencia de guindas, capulí o aguaymanto, mirto, y muchas otras entre la flora aún sin identificar.
Es de destacar, que a lo largo de los caminos de herradura que conducen a la laguna, se encuentra la presencia de la yareta (Azorella compacta), huamanpinta (Chuquiragua spinoza), cactus como el hualajo (Opuntia vestita cristata), pastos naturales como el Agrostis, Calamagrostis, Festuca, Paspalum y Stipa. Así como también se pueden observar cascadas, puquiales y riachuelos, que acompañan el camino de herradura hasta Pongos.
La fauna ictiológica de la laguna, está compuesta por truchas; además el lugar es habitad de patos silvestres, huachuas (Chloephaga melanoptera), entre otras aves, en su entorno también se puede observar diversos mamíferos como tarukas, venados, vizcachas, gatos andinos y el coati de cola anillada o también llamado “mishasho”.
Asimismo, en uno de los cerros que rodea a la laguna, se puede observar el rostro de una mujer; la cual según los comuneros de Yauli seria la sirena protectora de la laguna, a esta formación natural, en oportunidades, los comuneros que tienen animales en la zona, le rinden ofrendas conocidas como “cutichis o pagapus”; para que ella les permita recoger el ganado vacuno del lugar o sembrar con éxito en algunas zonas adyacentes a la laguna.
Es de destacar que la laguna tiene visitas constantes por año, con presencia de amantes del trekking, turismo de aventura o campistas interesados en conectarse unos días con la naturaleza y en búsqueda de la tranquilidad que se vive en Pongos, debido a su microclima, muy particular por su ubicación.