Fue creado oficialmente el 14 de Noviembre de 1958 como dependencia del Ministerio de la Marina de Guerra del Perú. Actualmente, brinda los servicios de una biblioteca y una videoteca especializada, es el único Museo que muestra objetos personales de Miguel Grau Seminario. Muestran cuadros, esculturas, prendas y diversos objetos de los héroes navales peruanos, así como algunas piezas arqueológicas. Destacan las prendas personales del Almirante Miguel Grau, así como mascarones de proa de barcos de la época colonial. Entre los objetos personales del Almirante Grau se pueden apreciar su reloj de oro, que uso en vida, y otras medallas, otorgadas por su valor y heroísmo en muchos combates. Otra pieza de gran valor es el original de la carta de agradecimiento que la viuda del Capitán de fragata chileno Arturo Prad agradece a Grau el envío de las prendas de su esposo quién murió al mando del hundido buque Esmeralda en el Combate de Iquique (1879). La historia del Museo Naval se remonta al año de 1918 con el traslado e instalación del mástil de la Corbeta Unión, nave de gloriosa actuación en la guerra del Pacífico (1879-1883), en el local de la Escuela Naval. Fue un 8 de octubre de 1957 cuando se realiza una exposición en la Biblioteca del Centro Naval con las colecciones de la escuela y donaciones de marinos altruistas.

En su interior, cuenta con una colección única de mascarones de proa que datan del siglo XVII al XIX ( Registro Nacional N° 0000220177, Registro Nacional N° 0000220178, Registro Nacional N°0000220174 que se encuentra en el sistema del Ministerio de Cultura).

Muy Bueno, debido a las acciones de constantes de mantenimiento y conservación por parte de la Marina de Guerra del Perú.