En el parque principal de Ciudad Eten se construyó una segunda iglesia franciscana y colonial, cuya finalización data de 1762. En su edificación se utilizaron algunos materiales de la iglesia original del siglo XVI, incluyendo elementos como la puerta principal. Es significativo que elementos de esta segunda iglesia, como el portón y posiblemente las campanas que pudieron haber sonado en el momento del milagro de 1649, aún se utilicen en la iglesia actual. De ello actualmente se conserva el Altar Mayor. La iglesia actual de Santa María Magdalena, construida con material noble en 1977, durante el mandato del Padre Emigdio Sandoval Guevara como párroco, se ubica en el lado este del parque principal de Ciudad Eten, en la esquina de las calles Francisco Bolognesi y Manuel Bonilla La construcción de esta nueva parroquia estuvo motivada principalmente por la perdurabilidad de la fe y la devoción surgidas a raíz de los milagros de 1649, Aunque las descripciones arquitectónicas detalladas son limitadas en los fragmentos proporcionados, sirve como el principal lugar de culto y el actual custodio de la imagen del Divino Niño del Milagro. En ingresar al Altar Mayor del siglo XVII, se puede observar seis óleos, tres a la derecha y tres a la izquierda. Tres de estos óleos representan escenas de la vida de Jesús, mientras que los otros tres ilustran las apariciones del Divino Niño en la Hostia Sagrada. Estas pinturas tienen el sello de la Escuela Cusqueña, que fueron elaboradas en la celebración de los 300 años del milagro eucarístico. Así mismo tiene imágenes, elaboradas con técnicas y material europeo y americano del siglo XVI, se trata de las representaciones del Señor del Huerto, San Francisco Solano, San José, San Isidro Labrador, Cristo Resucitado, Cristo Pobre y Jesús Sufriente. En este templo está la imagen que representa la aparición divina, fabricada en España en madera y donada en 1929 por el sacerdote español Jesús Zaragoza, dicha imagen fue bendecida en el 2018 por el Papa Francisco. En esa Iglesia, se celebra la Misa de Promesa, es un evento religioso mensual significativo que se celebra el primer sábado de cada mes en honor al Divino Niño del Milagro Eucarístico de Ciudad Eten, una tradición que se mantiene desde 2014. Este evento regular atrae constantemente a los devotos. La asistencia a estas misas mensuales es considerable, con una participación que oscila entre 600 y 1000 personas de todas las edades. Esto indica la fuerte devoción local y regional al Divino Niño. La tradición del cambio de Capita es una práctica donde los devotos regalan frecuentemente capas a la imagen del Divino Niño como signo de su devoción y gratitud. El hecho de que la actual iglesia de Santa María Magdalena se construyera directamente sobre los restos de la antigua iglesia colonial presenta tanto un desafío para la preservación y exhibición de estos vestigios históricos como una oportunidad para integrarlos en la experiencia del visitante. En el 2019 el entonces obispo de la Diócesis de Chiclayo, Monseñor Robert Prevost, entregó 20 mil testimonios al Papa Francisco en Roma de las personas que llegaron a la iglesia Santa María Magdalena y que firmaron los libros instalados en dicha parroquia. Mediante el decreto 343 de la Penitenciaría Apostólica el Vaticano concede indulgencia plenaria a quienes participen cada 2 de junio en las peregrinaciones hasta la parroquia Santa María Magdalena. Mediante el decreto 1771 de la Penitenciaría Apostólica, el Papa Francisco ha declarado Año Jubilar en la parroquia Santa María Magdalena –por los 375 años de la aparición divina—el mismo que comenzó el 22 de julio de 2024 y culminará el 22 de julio de 2025. La Conferencia Episcopal Peruana ha designado a la parroquia Santa María Magdalena como uno de los cinco templos jubilares de la Región Lambayeque, para todo el año 2025.

Desde enero del 2025 el templo es el único lugar en el país que alberga una reliquia de primer grado del beato Carlo Acutis.

Resolución Ejecutiva Regional N.°000268-2019-GR.LAMB/GR, cuyo artículo primero resuelve imponer la medalla del GORE a la imagen del Divino Niño del Milagro, por los 370 años del milagro eucarístico. Dicha imagen permanece en la parroquia Santa María Magdalena.

La continuidad en la dedicación de las iglesias de Eten a Santa María Magdalena, desde el siglo XVI hasta el presente, pone de manifiesto una devoción constante y arraigada a la patrona, que coexiste y posiblemente realza la significación del posterior milagro de la aparición del Divino Niño del Milagro Eucarístico en la hostia consagrada en su primera Iglesia Matriz hoy enterrada (cerca a la playa). Eten pertenecía inicialmente al obispado de Lima (1541), el cual fue pocos años después, elevado a arzobispado (1545), hasta inicios del Siglo XVII, en que se crea el Obispado de Trujillo (1609), el cual estuvo conformado por las provincias de Trujillo, Saña, Piura, Cajamarca, Jaén, Chachapoyas, Moyobamba, Cajamarquilla y Huamachuco.