Fundado el 28 de febrero de 1918, es una institución científica perteneciente a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Su misión es recolectar, investigar, conservar y exhibir organismos y muestras representativas del patrimonio natural del Perú y del mundo, en los ámbitos de la flora, fauna y gea (componentes geológicos), con el objetivo de generar y difundir conocimiento científico a todos los niveles. Los ejemplares recolectados forman parte de Colecciones Científicas Especializadas, las cuales se conservan, estudian y resguardan en el museo. El museo cuenta con 13 salas permanentes, que ofrecen un panorama completo sobre la diversidad biológica y geológica del Perú, tanto actual como prehistórica, mostrando piezas disecadas, reconstrucciones y/o réplicas. También se incluyen dioramas que recrean los distintos paisajes naturales del país. Cuenta con: Sala de Mamíferos: Presenta la evolución de este grupo animal, incluyendo monotremas como el ornitorrinco y el equidna, edentados como el oso hormiguero, y especies emblemáticas como el oso andino. Sala de Primates y Murciélagos "Hernando de Macedo Ruiz": Muestra una variada colección de primates, como el mono choro de cola amarilla y el tití enano, así como diversas especies de murciélagos. Sala de Invertebrados: Exhibe insectos, arácnidos, artrópodos, crustáceos, moluscos y helmintos. Sala de Reptiles y Anfibios: Ejemplares de caimanes, tortugas, lagartijas, camaleones, serpientes y anfibios como la rana dardo venenosa y la "salamandra peruana". Sala de Aves: selección de aves peruanas organizadas por hábitats, incluyendo al gallito de las rocas, el pelícano peruano y otras especies. Sala de Peces: Especies marinas y de agua dulce, de aguas profundas como el pez semáforo y especies pelágicas como el pez volador. Sala de Dinosaurios: incluye réplicas a tamaño real de dinosaurios que habitaron el territorio peruano, como el titanosaurio de Bagua. Sala de Paleontología: Reúne fósiles hallados en las regiones de Sacaco (Arequipa) y Ocucaje (Ica), entre ellos el ancestro del tiburón blanco, perezosos acuáticos, tortugas laúd, ballenas y el enigmático piroterio. Sala de Livyatan: exhibe al Livyatan melvillei, un cachalote hipercarnívoro y uno de los mayores depredadores marinos del pasado en el mar peruano. Sala de Megafauna: muestra fósiles y reconstrucciones de grandes mamíferos prehistóricos como el caballo fósil sudamericano, tigres dientes de sable y perezosos gigantes. Sala de Botánica: Presenta una diversidad de plantas que conforman los principales ecosistemas del Perú. Sala de Minerales, Rocas e Invertebrados Fósiles: Contiene una de las colecciones más variadas de minerales, rocas, fósiles y meteoritos del país. Explica la formación del universo, el origen de la Tierra, la tectónica de placas, el proceso de formación de montañas y el uso de minerales, así como la importancia de la geología en la minería. Sala Centenario: Conmemora los 100 años del museo, ofreciendo un recorrido histórico desde su fundación hasta la actualidad. Incluye una selección interactiva y didáctica de las especies más representativas de sus colecciones científicas. Además de las salas interiores, el museo cuenta con espacios al aire libre como: Zona de Cetáceos, Zona de Purussaurus, Jardín Botánico “La Casa de Ania”, un espacio ecológico dedicado a la educación ambiental. También se dispone de una sala de exposiciones temporales, donde se presentan muestras relacionadas con la biodiversidad, su conservación y la conciencia ambiental. El Museo de Historia Natural está inscrito en la Red Nacional de Museos Públicos y Privados del Perú y la curaduría se halla a cargo de sus departamentos y divisiones especializadas, así como del área de Museología. Sus piezas están catalogadas como bienes muebles y se encuentra en buen estado de conservación.

• Es el primer museo de historia natural del Perú, según Ramos, J., & Rodríguez, E. (2022). Importancia de las colecciones de los centros de conservación ex situ: situación de los museos de historia natural y herbarios en el Perú. Sagasteguiana, 10(1), 3-30. • La colección entomológica del Museo de Historia Natural UNMSM es la colección de insectos más grande del Perú, de acuerdo con Rasmussen, C., & Lamas, G. (2011). Catalog of entomological types in the Museo de Historia Natural (MUSM), Lima, Perú: Hymenoptera. Revista Peruana de Entomología, 46, 51-58.

Buen estado, porque la entidad que lo administra brinda el constante mantenimiento de salas y conservación de piezas.