El recurso turístico se ubica entre el Psje. Guivin y el Jr. Atahualpa, en la margen derecha de la plaza principal del distrito de San Carlos. Declarado Patrimonio Cultural de la Nación mediante la Resolución Jefatural N.º 009-89-INC/J-1989, constituye una de las iglesias más antiguas y representativas del departamento de Amazonas. La iglesia ha cumplido un rol central en la vida religiosa y social de San Carlos, albergando celebraciones como la fiesta patronal en honor a su patrón, San Carlos Borromeo. La edificación ocupa 46,10 m de longitud y 18,40 m de ancho, tiene 4 entradas y una más para la sacristía. Sus muros de adobe y piedra asentados en barro, junto con la cubierta de teja sostenida por estructura de par, hilera y nudillo, reflejan las técnicas constructivas tradicionales de la época. El acceso principal se eleva sobre un estilóbato de piedra caliza, y uno de los aspectos más llamativos de la iglesia son las cabezas clavas: una ubicada en el frontis y otra al sur, exactamente en la torre campanario, elementos simbólicos que formaron parte del proceso de evangelización de los nativos de la zona. La torre campanario, de forma prismática y rematada con una cubierta de teja a cuatro aguas, alberga dos campanas de bronce que, pese al paso del tiempo, se mantienen como parte esencial del patrimonio sonoro y religioso de la iglesia. En el interior destacan elementos de notable valor histórico y artístico. Sobre la entrada principal se ubica el coro alto y, a sus pies, el baptisterio. De especial importancia es una viga en el techo con la inscripción del año 1786, acompañada del nombre de Jaime Baltasar Martínez de Compañón, obispo de Trujillo, lo que constituye un valioso testimonio material de la época de edificación. Asimismo, el altar mayor está presidido por un retablo de estilo jónico andino o mestizo, policromado en tonos verdes, amarillos, rojos y plateados, y ornamentado con aplicaciones en pan de oro. Esta estructura se organiza en dos cuerpos, tres calles y un ático, albergando un conjunto de 23 imágenes religiosas: en el primer nivel destacan las de San Carlos Borromeo, Santo Domingo, la Virgen Auxiliadora, la Virgen de Magdalena, la Virgen María, el Niño Jesús y la Virgen de Dolores; en el segundo nivel se aprecia la figura de San Antonio; y en el ático se encuentra la escultura del Todo Poderoso, que corona el conjunto. Entre sus bienes muebles sobresalen los mantos textiles con imágenes religiosas, piezas de gran valor devocional que son utilizadas cada año durante las celebraciones de Semana Santa, reforzando así el carácter litúrgico y patrimonial de la iglesia. A lo largo de su historia, la Iglesia de San Carlos ha sido escenario de importantes celebraciones religiosas y comunitarias, consolidándose como el principal espacio de encuentro espiritual de la población. En los años 2022 y 2023, la iglesia fue objeto de trabajos de reconstrucción impulsados por la propia comunidad, lo que refleja el profundo vínculo de identidad y pertenencia que los pobladores mantienen con su iglesia. En la actualidad, a pesar de los deterioros ocasionados por el paso del tiempo y los recurrentes movimientos sísmicos, la Iglesia de San Carlos continúa activo y en uso, manteniendo su condición de patrimonio de extraordinario valor histórico, artístico y religioso. En este sentido, su conservación resulta prioritaria para garantizar su permanencia como símbolo cultural de Bongará.

La Iglesia fue Declarado Patrimonio Cultural de la Nación mediante la Resolución Jefatural N.º 009-89-INC/J-1989

Se encuentra en regular estado debido a que se reconoce la mayoría de partes de la estructura original y sus detalles constructivos, las estructuras se muestran sólidas y estables.