Se construyó en el año 1895, actuando como padrinos, doña Jesús Iturbide de Piérola, esposa del ex presidente Nicolás de Piérola y don Domingo de Olavegoya. Debido a su débil estructura, la iglesia fue demolida en 1933, iniciando su reconstrucción ese mismo año. Para tal fin, se requirió el permiso de los superiores del Convento de los Descalzos de Lima, donde el conocido poeta, el Padre Tarsicio Mori, fue el propulsor de la dirección técnica, mientras que el Padre Antonio Alcelay (ingeniero) fue quien se encargó de la construcción. El templo Eucarístico de San Francisco se levantó con el esfuerzo de la comunidad franciscana y la ayuda del pueblo barranquino. Este nuevo templo ecléctico construido en concreto, cuenta con una sola torre central que arranca sobre un pequeño nárdex y tres naves. El frontón del nárdex está decorado con una serie de sobre relieves que representan ángeles, querubines, cáliz y la imagen de los cuatro evangelistas. En el ábside, semicircular, se observan los emblemas del Arca de la Alianza, la Última cena, el rey David y la Eucaristía. Los altares laterales son dedicados al Corazón de Jesús e Inmaculada Concepción. Asimismo, cuenta con vitrales que exhiben las imágenes de los siguientes santos: Francisco de Asís, Francisco Solano, Antonio de Padua, Buenaventura, Rosa de Lima, Santa Clara entre otros mártires franciscanos; en el vitral del coro se encuentran insignias de la Eucaristía (cáliz y hostia), así como el monograma “JHS” (Jesús hijo santísimo). El nuevo templo fue inaugurado oficialmente el 25 de octubre de 1935, con motivo del Congreso Eucarístico Nacional. En 1944 se construyó el actual convento anexo a la iglesia. Al ser fundada la parroquia, comenzó a funcionar con la asistencia de ocho hermanos franciscanos (siete sacerdotes y un hermano lego), comenzó en los años siguientes se buscó mantener una cantidad considerable de religiosos, especialmente sacerdotes para la atención de los fieles, muy asiduos a la confesión sacramental. En sus instalaciones se encuentra la Comisaría de Tierra Santa, principal sede en el Perú, quienes promueven y administran los donativos para los custodios de Tierra Santa, coordinando y dirigiendo la recepción de los peregrinos que llegan a Tierra Santa y rezan ante los santuarios de nuestra Redención. Tal tarea le fue asignada por la Santa Sede hace más de 600 años. Debido a la belleza del interior del templo, muchos novios la escogen para la celebración de su boda religiosa.

Declarado por el Ministerio de Cultura como Patrimonio Cultural Inmueble Republicano por su Arquitectura Religiosa, por R.J.N°191-89-INC/J del 26/04/1989.

Bueno, la iglesia es conservada constantemente por la Orden Franciscana.