La ciudadela prehispánica, de grandes proporciones, abarca más de 25 hectáreas y se ubica en una hondonada plana y ligeramente inclinada. En el centro del espacio se encuentra una laguna formada por filtración, alrededor de la cual fue construida la mayor parte del asentamiento. El complejo arqueológico está conformado por cerca de 200 edificaciones, predominantemente de planta circular y, en menor número, rectangular. Estas construcciones están hechas con piedra semi¬labrada —principalmente laja y andesita— asentada con argamasa de barro compuesta por una mezcla particular de arena, arcilla y cal. La mayoría de las edificaciones mide entre 3 y 7 metros de diámetro, aunque existen alrededor de diez estructuras que alcanzan diámetros de entre 9 y 12 metros, asociadas probablemente a la clase dirigente de la ciudadela. Todas presentan muros de doble hilera de piedras, con un espesor promedio de entre 0.60 y 0.85 metros y una altura que varía entre 1.5 y casi 3 metros. En muchas de ellas aún pueden observarse los vanos de acceso, generalmente uno por estructura, orientados hacia espacios abiertos que se relacionan claramente con otras edificaciones circulares y rectangulares. Estas conforman una especie de “patios” que habrían funcionado como áreas comunes dentro de posibles conjuntos habitacionales prehispánicos. Los vanos de acceso mencionados son de forma trapezoidal, contando con 0.80 o 1 m de ancho en su base y unos 0.80 m de ancho al nivel del dintel, con una altura de 1.70 m de altura sobre el nivel del suelo. La mayoría de las estructuras conserva aún su planta circular completa. En la superficie del área arqueológica se observa abundante material cerámico y lítico, lo que sugiere la existencia de uno o más talleres de talla. Esta hipótesis se fortalece por la presencia de numerosos restos de manufactura lítica, nódulos y otros elementos asociados. La arquitectura de los muros —tanto de las estructuras circulares y rectangulares como de los espacios abiertos que delimitan— evidencia varios periodos de ocupación. En las zonas más agrestes, cercanas a las montañas que rodean el sitio, se reconoce arquitectura correspondiente a la época Wari (600–1200 d.C.). Más cerca del centro de la ciudadela predominan construcciones del Intermedio Tardío, también denominado Época de los Estados Regionales, periodo comprendido entre la decadencia Wari y el surgimiento del Estado Inca (1000–1450 d.C.). Finalmente, alrededor de la laguna se identifican algunas estructuras circulares y rectangulares del Horizonte Tardío (1438–1532 d.C.), época del Incario y de la expansión del Tahuantinsuyo. Esta secuencia arquitectónica permite afirmar que la Ciudadela Prehispánica de Shanganmarca tuvo una ocupación humana continua superior a los mil años, con evidencias claras de diversas etapas de la periodización andina. Durante el Intermedio Tardío se desarrolló allí una cultura propia —aún por estudiar— que tenía al agua como deidad principal, culto sustentado tanto por la laguna como elemento central del sitio, como por la presencia de una gran roca o huaca ubicada dentro del cuerpo de agua, a la cual se accedía a través de un sendero de piedra utilizado para rituales. En la laguna pueden avistarse ocasionalmente aves como el yanavico, la huashua y la liclish; en su entorno la flora característica esté representada por el ichu y arbustos espinosos como el huajuro o hualajo. Además, el complejo presenta chullpas funerarias semienterradas junto a diversas estructuras habitacionales, característica que podría convertirlo en un sitio único a nivel arqueológico.

Su estado de conservación es bueno, pues la mayoría de sus estructuras —tanto circulares como rectangulares— mantienen su forma completa, con vanos de acceso aún visibles. Toda la zona se encuentra libre de residuos sólidos y con la vegetación constantemente controlada, gracias al cuidado permanente brindado por la familia comunera Quiquia, guardianes del lugar.