La iglesia San José de Quequeña constituye un importante bien inmueble de carácter religioso perteneciente al periodo virreinal tardío, edificada entre los años 1767 y 1769. Forma parte del conjunto de templos rurales del ámbito de Arequipa, asociados al desarrollo de pueblos tradicionales durante la colonia.
Previamente, existió en el lugar una capilla construida con muros de adobe y techumbre de madera, que incluía una torre del mismo material. Esta estructura fue intervenida en diversas ocasiones debido a la actividad sísmica de la región, siendo posteriormente reemplazada por el actual templo de cal y canto.
Desde el punto de vista arquitectónico, el inmueble responde a un estilo barroco mestizo, característico de la arquitectura religiosa arequipeña, evidenciado en la sobriedad de su composición volumétrica y en la incorporación de elementos decorativos de tradición local.
La edificación presenta una planta de una sola nave longitudinal, con dimensiones aproximadas de 38.45 metros de largo por 7.52 a 8.20 metros de ancho, organizada en cinco cuerpos.
El sistema constructivo está basado en muros de cal y canto, con presencia de sillar en los paramentos interiores. La nave se cubre con una bóveda de cañón sin carga, elemento representativo de la arquitectura virreinal adaptada a condiciones sísmicas. Asimismo, cuenta con cuatro contrafuertes por lado que refuerzan estructuralmente el conjunto.
La fachada principal presenta una composición sobria y equilibrada, con una portada de arco de medio punto cuyas jambas se prolongan verticalmente hasta rematar en una cornisa trilobulada. Sobre el acceso principal se dispone una repisa que conduce a un pequeño nicho moldurado. La fachada presenta una composición vertical de proporciones esbeltas, en relación con la longitud total del templo (38.45 m) y su ancho reducido (aprox. 8 m), lo que genera una lectura volumétrica alargada y equilibrada. La altura de la fachada guarda correspondencia con el desarrollo de la bóveda de cañón interior, mientras que la torre lateral presenta un mayor desarrollo en altura, configurándose como el elemento dominante del conjunto.
La torre campanario, ubicada lateralmente, está construida en cal y canto y presenta cuatro pilastras rematadas en arcos de medio punto, con tableros decorados con motivos geométricos. Sobre esta estructura se eleva una cúpula, elemento poco común en iglesias rurales de la época, lo que le otorga singularidad dentro del contexto local.
En el interior, el templo alberga un conjunto de elementos artísticos y litúrgicos de alto valor, destacando el altar mayor compuesto por un retablo de madera de cedro, tallado en tres cuerpos y tres calles, con un camarín central que alberga la imagen de la Inmaculada Concepción.
Asimismo, se identifican altares laterales dedicados a diversas advocaciones como San Isidro Labrador, Nuestra Señora de la Purísima, la Sagrada Familia, Señor de Ascensión, Sagrados Corazones de Jesús, Jesús Nazareno, San Juan, La Verónica, San Francisco, San Martín de Porres, Virgen Dolorosa, Corpus Christi, Santo Sepulcro, San Antonio, Padre, Hijo y Espíritu Santo y Virgen de Chapi. Se complementan con otros espacios y elementos como el púlpito, el coro, el bautisterio, la sacristía y ambientes anexos.
A lo largo de su historia, la iglesia ha sido objeto de diversas intervenciones y procesos de restauración. Tras el terremoto de 1868, que causó daños estructurales, se realizaron trabajos de reparación, estucado y renovación de elementos internos. Posteriormente, bajo la gestión del párroco Domingo Díaz Polanco, se llevó a cabo una restauración integral que incluyó la recuperación de la bóveda, altares, torre y espacios anexos, así como la mejora del entorno urbano inmediato. En 1994, un comité local impulsó la restauración de la fachada y la torre, evidenciando la participación activa de la comunidad en la conservación del bien.