Fundado en 1946 a iniciativa de un grupo de intelectuales liderados por Luis Valcárcel, promotor del indigenismo y el primer etnólogo del Perú, y el reconocido pintor indigenista José Sabogal, quien desde 1931 investigaba, promovía y coleccionaba arte popular de las regiones del país a través del Instituto de Arte Peruano, pilar institucional y académico sobre el que se gestaría el Museo Nacional de la Cultura Peruana, y al que posteriormente se sumarían el Instituto de Estudios Etnológicos. A esta labor e institucionalidad académica también pertenece la Revista del Museo Nacional, publicación del Museo Nacional de la Cultura Peruana, con investigaciones sobre etnología, arqueología, antropología, música, arte, folklore, arqueología, lingüística y geografía. Expone piezas de arte popular de distintas regiones del país. En el primer piso se hallan cuatro salas. La “Sala de los antecedentes del Arte Popular”, muestra queros, tejidos, mates burilados y piezas artísticas de origen colonial. La “Sala Regiones del Arte Popular”, exhibe obras de distintas regiones de nuestro país, donde resaltan los “Retablos Ayacuchanos”, platería, imaginería y cerámica, obras de destacados maestros como Joaquín López Antay, Hilario Mendivil, entre otros. La “Sala Funciones”, muestra objetos artísticos usados en rituales, celebraciones y otros eventos tradicionales de diversos pueblos y regiones, como las Cruces de Caminos y los huacrapucos; y una Sala de Exposiciones Temporales. En el segundo nivel, encontramos Salas de Exposiciones Temporales, ambientes dedicados a exposiciones relacionadas al arte popular de todas las regiones del país y la biblioteca. La fachada del edificio se distingue por presentar un estilo arquitectónico prehispánico con figuras Tiahuanaco, diseñado por el arquitecto polaco Ricardo Malachowski. En los últimos años, el museo viene impulsando y promoviendo talleres y exposiciones de diversas artes populares, así como el famoso Concurso Nacional de Tanta Wawas, tradicional pan dulce andino con forma de niño, evento que se realiza cada 01 de noviembre, desde 1998. Las distintas piezas se encuentran en buen estado de conservación, son bienes materiales muebles y el museo pertenece a la Red de museos del Centro Histórico de Lima. Es uno de los museos más antiguos del país y posee una de las mayores colecciones públicas de artes populares tradicionales del Perú, así como una biblioteca especializada en artes populares, antropología y etnología peruana, legado de reconocidos etnólogos como Luis Valcárcel, fundador del museo y el indigenista más importante del siglo XX; y José María Arguedas, quien fue director del Instituto de Estudios Etnológicos del Museo Nacional de la Cultura Peruana.

El estado de conservación de las piezas del museo, así como del inmueble es bueno. La conservación, cuidados y mantenimiento se encuentran a cargo del Ministerio de Cultura.