El Museo Convento de los Descalzos se encuentra en el antiguo convento que lleva el mismo nombre. Fue fundado el 18 de diciembre de 1981. Para dar inicio a sus actividades, fue necesario adaptar los antiguos espacios a un discurso museográfico. Así, se intervinieron los claustros, corredores, celdas, capillas, el refectorio, la bodega y la enfermería. Además, se restauraron importantes obras de arte y objetos litúrgicos.
El convento, en su totalidad, emana austeridad. Su arquitectura, aunque sencilla, ha perdurado desde la época virreinal, sobreviviendo a diversas vicisitudes. El museo alberga una impresionante colección de más de 400 pinturas, que incluyen obras de las escuelas limeña, cusqueña y quiteña. La mayoría de estas obras son de autores anónimos, aunque también se encuentran lienzos de talleres de pintores reconocidos, como San José con el Niño, del taller de Bartolomé Sebastián Murillo, o atribuciones como La Virgen de la Rosa, que se cree fue pintada por el jesuita Bernardo Bitti, y El Bautizo de Cristo, que se atribuye a Diego Quispe Tito. Además, se pueden apreciar pinturas de artistas renombrados de la época colonial, como Leonardo Jaramillo, Miguel de Santiago, Javier Cortés, Joaquín Urreta, entre otros.
A lo largo del museo, se encuentran varios claustros y venerables celdas. El primer claustro es el de la Portería, al cual solo podían acceder los varones laicos. A continuación, se halla el claustro Guardianal, así denominado porque en su ala derecha se encontraba la celda del Padre Guardián, la cual alberga hoy pinturas dedicadas a la Virgen y retratos del primer guardián del convento, San Francisco Solano. Contigua a esta, se encuentra la celda del invitado, que conserva muebles coloniales y diversas pinturas. En otras salas del claustro, se mantienen los antiguos libros corales y la imprenta de los padres. Seguido de este, está el claustro de la Enfermería, que alberga las celdas de reposo de los frailes que regresaban de sus misiones. Este claustro custodia una de las pocas boticas coloniales que aún perduran en Lima, que ha mantenido su función desde el siglo XVIII. El último claustro, conocido como Ayacuchano, destaca por el colorido de sus paredes, arcos y pilares. Su nombre original fue claustro del Vía Crucis o Procesional, debido a que, en tiempos coloniales, los frailes solían realizar allí su peregrinación interna.
Uno de los espacios más imponentes es la Capilla del Carmen, que cuenta con un coro alto y una puerta que conecta con la enfermería, permitiendo que los enfermos pudieran escuchar misa. Otra capilla, más modesta, alberga la imagen de la patrona del convento. La pintura principal, de principios del siglo XVII, es Nuestra Señora de los Ángeles, de estilo italiano. Se sabe que el héroe nacional Miguel Grau visitó este recinto religioso antes de partir hacia la guerra de 1879. Durante el recorrido, se visita también el antiguo refectorio de los padres descalzos, que exhibe dos pinturas de gran formato de la escuela limeña: La Última Cena y La Cena de Baltazar, ambas de autor anónimo. Junto a este espacio se encuentra la sala Medoro, que presenta grandes pinturas, entre ellas Santa Catalina de Alejandría y Nuestra Señora de los Ángeles, así como una pintura monumental titulada La imposición de la casulla a San Ildefonso, del pintor español Leonardo Jaramillo.
Entre otras áreas del museo, destaca la antigua bodega de vinos, que conserva sus barriles. En este espacio también se exhiben utensilios de cocina, incluido un gran perol que, hasta la fecha, se utiliza en la festividad de la Porciúncula.
El Museo Convento de los Descalzos es parte de la Red de Museos del Centro Histórico de Lima