El emblemático Museo Contisuyo de Moquegua fue inaugurado el 9 de setiembre de 1994, con la finalidad de custodiar, exhibir y difundir el material arqueológico de las investigaciones del Programa Contisuyo. Se encuentra emplazado junto a la Municipalidad Provincial de Mariscal Nieto, entre las calles Tacna y Moquegua en la misma Plaza Mayor de Moquegua, dentro de los muros de lo que fuera la histórica Iglesia Matriz Santa Catalina de Alejandría de la ciudad de Moquegua, la cual se derrumbó en el terremoto de 1868. El actual edificio que alberga al museo es de corte tradicional a la arquitectura moqueguana de estilo mojinete, sin dejar de lado la modernidad. Es administrado por la Asociación Contisuyo, entidad cultural sin fines de lucro El museo pertenece a la Red de Museos del Perú y cuenta con una gran sala de exposición que se encuentra distribuida en 4 sectores, los que se han distribuido por épocas, culturas y objetos. Cuenta con colecciones arqueológicas producto de investigaciones que se realizaron desde los años ochenta en la cuenca del río Osmore en Moquegua. Este material es de diferente naturaleza, como líticos, cerámica, orgánico (restos humanos, textiles, artefactos de madera, botánicos, etc.). En su exhibición se exponen evidencias del desarrollo cultural del hombre en la región Moquegua, desde la época pre cerámica hasta la época inca. Es así que se tienen piezas originales de la cultura Estuquiña, Chen Chen, Tumilaca, Wari, Tiawanaku. En su interior se puede apreciar una escultura a escala del sitio arqueológico de Cerro Baúl, así como representaciones de los pobladores que habitaron la región. Se debe señalar que el 90 % del material que posee el museo es producto de las investigaciones de corte científico realizadas hasta la actualidad, apoyadas por arqueólogos y otros especialistas peruanos y extranjeros que han colaborado con la Asociación Contisuyo. Este establecimiento dispone de una sala de exposición permanente, almacén de material arqueológico y gabinete para investigaciones, biblioteca especializada, auditorio y oficinas administrativas, además como entidad cultural ofrece al visitante exposiciones temporales de muestras pictóricas, escultóricas, etc., organiza conferencias, seminarios, cursos y talleres de diferente índole, promueve el desarrollo artístico de la Región, monta exposiciones itinerantes de investigaciones arqueológicas, promueve el turismo en el ámbito regional, nacional, e internacional, apoya y promueve la concientización  y protección arqueológica de la región. Desde el aspecto científico realiza proyectos arqueológicos de excavación, rescate, catastro, levantamiento topográfico, estudios de gabinete en diferentes áreas como antropología, botánica, zoología, lítico, análisis ceramográfico, estudios geo-arqueológicos de terremotos, inundaciones y huaycos prehistóricos. El visitante podrá conocer de manera integral y resumida la historia de la región Moquegua, especialmente las culturas que se desarrollaron junto al río Osmore, la visita al museo incluye el acompañamiento de un guía de sitio, por lo que la visita a este museo se torna educativa y refuerza la visita a la región.

La Dirección Desconcentrada de Cultura de Moquegua indica que es el único museo instalado a nivel provincial en el que se exhibe muestras arqueológicas producto del trabajo realizado por investigaciones propias, y que han contribuido significativamente al estudio arqueológico de la provincia de Mariscal Nieto.

1. Congreso de la República del Perú al Museo Contisuyo, por los 25 años de compromiso institucional contribuyendo con el desarrollo y promoción de la identidad y patrimonio cultural de Región Moquegua 2. Universidad José Carlos Mariátegui, otorga Medalla Mariateguina, por su colaboración arte y la cultura, 11 de junio del 2014. 3. Municipalidad Provincial Mariscal Nieto, expresa reconocimiento y felicitaciones por su contribución al desarrollo de la actividad turistica, 26 de setiembre del 2024

Bueno, porque recibe mantenimiento a cargo de la Asociación Contisuyo, quienes reciben un aporte mensual de la Empresa Southern Perú.

En el año 1982, apoyado por la Empresa Souther Peru Cooper Corporation, nació el Programa Contisuyo, en el que un grupo de arqueólogos peruanos y extranjeros se dedicaron a investigar la cuenca del Rio Osmore, desde entonces los proyectos del Programa Contisuyo han convertido en esta parte de la región en uno de los valles más estudiados.