La historia de esta edificación inicia el 17 de septiembre de 1585, cuando el virrey don Fernando Torres de Portugal firmó la Real Cédula que autorizaba a los caciques de Cinto y Collique a donar un terreno destinado a la construcción del convento y la iglesia de Santa María de la Concepción del Valle de Chiclayo. Estas edificaciones fueron algunas de las primeras estructuras religiosas de la ciudad, erigidas gracias a la iniciativa de los frailes franciscanos. La fundación de este complejo está profundamente vinculada al nacimiento y crecimiento histórico de Chiclayo, siendo el punto de partida desde el cual la urbe comenzó a desarrollarse. La construcción se consolidó entre los siglos XVII y XVIII, bajo la dirección del padre fray Antonio de la Concepción, que incluía dos claustros: el primer claustro, con arcos ojivales góticos, y el segundo, con arcadas de medio punto de estilo colonial. Con el paso del tiempo, la identidad religiosa y la gestión del espacio se asociaron cada vez más con la Orden Franciscana, encargada tanto del convento como de la evangelización en la región. Esta relación fue fortalecida especialmente después de la expulsión temporal de los franciscanos en 1827 y el posterior cambio de uso del edificio en 1832 (cuando se convirtió en sede del Colegio Nacional de San José y otros servicios públicos); así, el nombre de "Convento de Padres Franciscanos" se popularizó para reflejar la pertenencia y administración exclusiva de estos frailes, dejando de ser únicamente un espacio de devoción mariana. Entre las décadas de 1940 y 1960, parte de la iglesia matriz y el convento fueron demolidos para dar paso a obras urbanas; sin embargo, se conserva el segundo claustro, conocido hoy como exconvento, que mantiene, en gran parte, su arquitectura gótica y virreinal costeña. Un elemento distintivo que aún perdura son los arcos ojivales, que representan vestigios significativos del estilo gótico en las construcciones religiosas de la época virreinal peruana. Al menos cinco de estos arcos se conservan hoy en día. El segundo claustro, que sigue en pie, se caracteriza por sus arcadas de medio punto de diseño colonial, algunas de las cuales fueron parcialmente tapiadas o adaptadas debido a las reformas y nuevos usos del edificio. Los muros conservados están mayormente hechos de adobe y ladrillo, con estucos y pintura en los capiteles y bases. En el lado sur del complejo, aún se pueden apreciar restos de la ornamentación volumétrica original, aunque considerablemente desgastada. El gran huerto, la iglesia matriz original y el primer claustro fueron demolidos, dejando únicamente fragmentos de la planta del segundo claustro, los muros perimetrales y algunas habitaciones que, en su momento, fueron adaptadas para fines educativos y civiles.

Declarado Patrimonio Cultural de la Nación mediante Resolución Suprema Nº 505 del 15 de octubre de 1974.

Malo: el exconvento se encuentra en mal estado de conservación, con daños visibles producto del abandono, fragmentación y la ausencia de restauraciones integrales; restos del claustro han sido apuntalados, pero no se garantiza su estabilidad.

El sitio no opera como atracción turística con atención al público; las actividades que se desarrollan están asociadas a proyectos o visitas técnicas de autoridades y eventualmente a actos religiosos o culturales en el centro histórico. Las visitas solo se pueden realizar desde la parte externa.