En septiembre de 1995, el Instituto Nacional de Cultura, actualmente Ministerio de Cultura, autorizó con el Acuerdo 97, la ejecución del “Proyecto de Investigación Arqueológica Santuarios de Altura del Sur Andino”, dirigido por el Dr. Johan Reinhard y el Dr. José Chávez Chávez desde el año 1980 en las montañas del sur del Perú. El museo abre sus puertas para la atención al público el 5 de diciembre de 1996 mediante Resolución N° 3966-R-97, a raíz de querer preservar y mostrar a la humanidad estos restos arqueológicos realizados en el proyecto aprobado el año anterior. El Museo Santuarios Andinos posee una importante colección arqueológica y pertenece a la Red de Museos de Arequipa. Tiene como atractivo principal a la Dama de Ampato o "Juanita la Niña de los Hielos ", el cuerpo congelado prehispánico en mejor estado de conservación en todo el planeta, conocida popularmente como Juanita. Cuenta con cinco salas de exposición permanente y una sala de exhibiciones temporales de arte visual, artes plásticas, entre otros. El recorrido comienza con la primera sala introductoria, donde se muestran textos y presentaciones sobre el proyecto santuarios andinos, la cronología y los Incas, época que se dio el ritual denominado “Capac Cocha” (1400 – 1500 d.c), el cual poseía un profundo significado religioso, social y cultural. En las salas posteriores se exponen textiles (ropa de Juanita y de los demás cuerpos); cerámicas (usados en las ceremonias), metales (ofrendas a los dioses), keros de madera, entre otros. En la quinta sala, se encuentra Juanita “La Dama del Ampato”; ubicada en la parte central del recinto en una cámara especial que registra una temperatura de 25 grados bajo cero; junto al cuerpo de la adolescente de doce años, se expone un muñeco tejido, el cual fue hallado junto a ella, en el nevado donde permaneció como ofrenda. La "Dama del Ampato” se exhibe entre los meses de mayo a diciembre. Entre enero y abril, Juanita ingresa en una etapa de conservación. En este recinto, también se exponen de forma permanente los restos de otras 5 momias halladas en el volcán Misti en 1998. El Museo ofrece el más completo panorama del ritual inca de la “Capac Cocha”, presentando a sus visitantes objetos de metales preciosos, madera, cerámica, tejidos y otros materiales. Así mismo, exhibe y preserva el patrimonio arqueológico, lo que la convierte en un punto de visita infaltable dentro en el recorrido turístico del Centro Histórico de Arequipa.

Mediante la Resolución Viceministerial N° 000184-2020-VMPCIC/MC se declaró Patrimonio Cultural de la Nación a los ochenta y un bienes prehispánicos de propiedad del Ministerio de Cultura que se encuentran en el museo Santuarios Andinos de Arequipa.

Muy bueno, debido al estado de conservación de las piezas y objetos en exhibición. Además se realiza mantenimiento y limpieza constante por la administración propia de la Universidad Católica Santa María de Arequipa.

La casona que lo aloja es conocida como la Casa del Fundador, una antigua edificación colonial del siglo XVIII.