Este conjunto arquitectónico empezó a edificarse en 1551 culminando su construcción en 1607, sin embargo, gran parte de la iglesia fue destruida en el terremoto de 1687. Con el paso del tiempo, varios sismos influenciaron en la modificación de la Iglesia, siendo su última restauración después del terremoto 2001, donde fue modificada la cúpula. El material predominante en su fabricación es a base del sillar blanco, rasgo típico de la arquitectura arequipeña. La Iglesia de la Merced expone atributos del estilo barroco y algunos elementos de estilo mudéjar, como la sala capitular. Destaca la portada lateral, en ella está esculpida la imagen de la Virgen de las Mercedes acompañada de dos santos de la orden mercedaria (Pedro Nolasco y Ramon Nonato). El interior está compuesto por tres naves; las naves laterales están separadas de la central por una arquería de columnas dóricas. El altar mayor luce un retablo de estilo churrigueresco y presenta aplicaciones en pan de oro. La sacristía es de especial interés porque se atesoran valiosos lienzos, muchos de ellos inspirados en la Virgen de las Mercedes y de la Escuela Cuzqueña, destacándose la obra artística "Aparición de la Virgen a San Pedro Nolasco". Asimismo, la sala capitular es considerada una de las más bellas comparadas con otras iglesias, por su estilo mudéjar y por conservar una valiosa biblioteca de la época virreinal hasta el año 1900, donde fue trasladada al segundo piso de los claustros. La Iglesia posee un piso de mármol, durante su recorrido se contempla La Virgen del Consuelo, la cual fue traída por el Obispo Goyeneche quien era muy devoto de la imagen decorada con madera de cedro y caoba tallada. Asimismo, se encuentra una réplica de La Virgen de la Portera proveniente del siglo XVII y diferentes cuadros de la escuela cuzqueña y actualmente modernizados. Al dirigirse al altar mayor se puede apreciar la imagen del vía crucis, procedentes del arte colonial. En los pasajes internos podemos notar cuadros como la recreación de la obra El nacimiento de Nolasco y otras recreaciones sumándose detalles arequipeños.

Declarado Patrimonio Cultural de la Nación por el Ministerio de Cultura, mediante la R.S. No. 132 -58 con fecha 16/04/1958.

Bueno, debido a la limpieza constante por parte de los religiosos, el acceso a recursos es adecuado, además se puede acceder con facilidad a los prestadores de servicios turísticos.

Forma parte del recorrido del Centro Histórico de Arequipa, que fue declarado Patrimonio Cultural de la Humanidad, por la UNESCO, en el año 2001.