Según las investigaciones del arqueólogo Jean Guffroy en 1987, el Cerro Ñañañique alberga un complejo arquitectónico ceremonial ocupado entre los siglos X y V a. C. Su estructura en forma de "U" y la gran cantidad de objetos cerámicos de diversos estilos encontrados en sus faldas evidencian su importancia cultural. Guffroy (1989) identificó varias fases evolutivas y constructivas del sitio, incluyendo Ñañañique, Panecillo, La Encantada, Chapica, Vicus, Campanas, Tallán, Tallán Chimú y Tallán Inca. En su ocupación temprana, destacan tres grandes plataformas al norte del cerro, acompañadas de viviendas semi-subterráneas de paredes enlucidas y cuartos más amplios con estructuras de arcilla alineadas contra los muros. Durante su fase de mayor esplendor, el complejo se expandió hacia el lado oriental del montículo principal y parte del montículo secundario, alcanzando seis estructuras de tipo ceremonial y administrativo. La ocupación de la época formativa abarcó más de seis hectáreas, organizadas en seis sectores principales con numerosas plataformas y edificios dispuestos alrededor de una plaza rectangular. Tras las excavaciones científicas de la misión francesa en los años 80, el sitio fue enterrado debido a la falta de infraestructura de protección, para evitar su deterioro por factores naturales y humanos. Actualmente, la falta de interés en la conservación y puesta en valor de este recurso ha dejado el sitio en abandono, pese a su relevancia histórica y potencial turístico. Aunque existen proyectos de preservación, las autoridades competentes no han considerado su verdadero valor patrimonial, lo que pone en riesgo su legado cultural.

El Cerro Ñañañique fue declarado Patrimonio Cultural de la Nación, mediante Resolución Directoral Nacional 931/INC de fecha 30-09-2004; es uno de los sitios prehispánicos más importantes del norte peruano.

Se encuentra en malas condiciones , ya que se ve amenazado por la invasión de asentamientos humanos en las faldas del cerro Ñañañique los mismos que son una amenaza a su conservación .

El cerro Ñañañique, localizado a tan solo 400 metros de la plaza de armas de Chulucanas, representa un importante recurso arqueológico con un significativo valor histórico y potencial turístico. Aunque se han planteado proyectos destinados a su conservación y puesta en valor, estos aún enfrentan la indiferencia de las autoridades competentes, quienes no han priorizado la relevancia cultural y turística que este sitio podría aportar al desarrollo de la región.