El 11 de abril de 1656 por mandato del Juez eclesiástico y por causas que se desconocen, se demolió la primera capilla denominada San Juan, ubicada en el sector conocido como "el huayco", al final de la calle Moquegua, en donde se ubica la Iglesia de Belén. Es probable que el sitio ocupado por la antigua capilla San Juan sirviera para edificar la iglesia llamada Belén, que fue construida por la Orden Hospitalaria Betlemítica. La primera piedra fue colocada el 29 de setiembre de 1828 por el Vicario y Cura primero Juan A. Montenegro y Ubaldi, lo que dio lugar a sonados actos religiosos. En 18 meses se dio término a la nueva Iglesia, pues el 29 de marzo de 1830 se bendecía el Templo por el mismo Vicario Montenegro y Ubaldi, luego siguieron tres días de misas solemnes con prédicas religiosas. Al parecer desde esa época lleva el nombre de Iglesia de Belén, pues la Orden Betlemítica rendía especial veneración a nuestra señora de Belén, cuya imagen durante muchos años se halló en uno de sus pasillos. La fiel devota Doña María Martina Fernández Cornejo y Fernández de Córdova, invirtió en la edificación de la iglesia, además de construir la sala del hospital para mujeres, la sacristía y una portería. En su testamento, Doña María Martina Fernández Cornejo y Fernández de Córdova, dispuso que su cadáver se sepultara en el lugar que ella había convenido en la iglesia que reedificó, contando para ello con la licencia y permiso del obispo de la diócesis; actualmente, sus restos descansan en esta iglesia, al costado del púlpito, careciendo de placa hasta la fecha. El terremoto del 13 de agosto de 1868 dañó seriamente a la bóveda y techo de la iglesia, iniciándose la reconstrucción de los mismos con madera machihembrada, que es la que se conserva en la actualidad. En 1945 debido a la labor desplegada por la Madre María Salcedo, Superiora de la congregación de las Franciscanas Misioneras de María, se hizo la refacción del total de la iglesia, culminando la reconstrucción el 6 de enero de 1946. La Iglesia de arquitectura colonial religiosa tiene una organización típica, cuenta con dos torres en su fachada, una nave originalmente abovedada, que en la actualidad es de forma de mojinete trunco, el crucero coronado por una cúpula de media naranja y el transepto donde funciona la sacristía. A la iglesia se accede desde el atrio irregular ubicado hacia la calle Moquegua, que bordea la edificación mostrando su doble fachada que es vistosa por su colorimetría. La fachada lateral tiene una sobriedad remarcada por sus pesados contrafuertes, que en sus orígenes soportaba la bóveda a medio cañón que conformaba la nave, y que en la actualidad es una cobertura de madera y torta de barro en forma de mojinete, en su interior tiene un machihembrado de madera. El coro es una estructura hecha completamente en madera con un piso entablado que resalta por su textura natural generada al intercalar dos tipos de madera de distinto color. Desde allí se tiene una visión completa del altar mayor, coronado por una cúpula que ilumina naturalmente el altar. En las diferentes intervenciones y rescate que se hizo en esta iglesia se han recuperado diversos objetos de la época colonial y republicana; es así que los santos son de variados materiales, como madera, yeso y últimamente de fibra de vidrio. En la actualidad los feligreses del Barrio de Belén con apoyo de la Beneficencia Pública de Moquegua y otras instituciones privadas realizan mantenimiento a la iglesia Los visitantes llegan interesados a visitar esta iglesia atraídos por apreciar este paso de época de los santos, además de encontrarse ubicada en uno de los barrios más tradicionales de la ciudad de Moquegua.

Declarada Monumento Histórico mediante Resolución Directoral Nº07-90 INC.

Bueno, Se encuentra en permanente mantenimiento por parte de la Beneficencia Pública de Moquegua.

Esta iglesia se encuentra generalmente cerrada, pero es posible ingresar previa coordinación con la Beneficencia Pública de Moquegua o en días de oración y/o liturgia.