La Laguna de Huaypo, se encuentra a 25 Km (aprox.) al noroeste de la ciudad de Cusco, dentro de 2 distritos que son Chinchero, Maras y la provincia de Anta. A una altitud de 3460 m.s.n.m. Es una hermosa laguna de aguas cristalinas, alberga gran variedad de peces y aves, tiene una longitud aproximadamente de 1.5 Km. Por 800 m y una profundidad de 18¿m. Ecológicamente se ubica entre las zonas de vida: Estepa - Montano Sub tropical (e-MS) y Bosque Húmedo- Montano Subtropical (bh-MS); caracterizado por presentar terrenos agrícolas y zonas forestales favorables; las condiciones para la agricultura de secano (estacional), son relativamente aprovechables, aunque limitados por disminución de temperatura y sequias estacionarias. La vegetación es de tipo herbácea y estacional. Como parte del paisaje se encuentra la montaña Wanacaure que se eleva a un lado de la laguna y donde se viene construyendo un mirador y caminos por parte de la municipalidad de Chinchero, esto permitirán disfrutar el paisaje completo (laguna, colinas cercanas y nevados del valle sagrado). Esta laguna es el corazón de la cuenca hidrográfica de tipo endorreica denominada Huaypo; es decir se alimenta de precipitaciones fluviales y manantes internos; su salida fluvial no conecta directamente con ningún río, sino que permanece allí y eventualmente a través de infiltraciones y evapotranspiración. En el litoral se identifica cultivos de cebada, trigo, papa, maíz, tarwi, arbustos como ortiga, manzanilla, huila, diente de león, muña, toronjil, entre otros. Los censos de biodiversidad registran 106 especies de aves entre colibríes, semilleros, canasteros, patos, zambullidores, águilas, tiranos, garzas, entre otros (mayor número de especies en anexos) que son residentes y migratorias. La zona litoral se ha inundado de tal manera que el cinturón de vegetación acuática emergente de Totora (Scirpustatora) está completamente bañado de agua favoreciendo una mayor actividad biótica. En términos de manejo de recurso hidrológicos, la laguna de Huaypo al igual que Piuray, cumple una importante función para la presencia de agua limpia, la que está relacionada con el mantenimiento de ecosistemas sanos y de la diversidad biológica, la recarga de agua subterránea, almacenamiento, suministro y purificación del agua, control y protección natural contra las inundaciones. Respecto a la gestión de otros recursos, los humedales mantienen la población piscícola de una cuenca, suministro de pasto en las estaciones secas al sector de cría de animales, etc. (CRUCES, 2004).

En regular Estado de conservación. Las familias asentadas alrededor realizar labores de limpieza de la laguna eventualmente.