Los vestigios de este templo se encuentran hacia el lado izquierdo en el camino hacia el Río Saña. Su ubicación era en la antigua ciudad a dos cuadras de distancia de la plaza mayor. El inicio de su construcción data de fines del siglo XVI, siendo terminada a comienzos del siglo XVII, pertenece a la época colonial y; de algunos de los documentos recopilados por Lorenzo Huerta, se puede deducir la existencia de un coro, que de acuerdo a las observaciones in situ, puede ser bastante parecida a la estructura del coro del Convento de San Agustín. En el ala lateral derecha (vista desde la portada principal) existe un conjunto de estructuras poco diferenciadas que sugieren la presencia de un conjunto de capillas, con posibles accesos al coro. Las estructuras que permanecen en el lugar son la portada principal, un ingreso lateral y un arco que comunica, según los planos realizados por Emilio-Harth-Terré, con el altar mayor. Tiene un arco impresionante y vestigios de una fachada de colores. De la evidencia arqueológica se puede deducir la presencia de un campanario, tal como es señalado por Emilio Harth-terré en 1968, quien fue un prominente arquitecto e investigador peruano, historiador del arte peruano antiguo, colonial y republicano, teórico del urbanismo. Esta aserción se complementa con documentos analizados por el escritor Lorenzo Huerta. También podemos observar la presencia de dos capillas anexas junto a la entrada lateral de la Iglesia, las cuales también son delimitadas en los planos del 1968. La portada principal presenta en su aspecto más superior una apertura que sugiere la presencia de un ventanal, en similar estructura al encontrado en el coro del Convento de San Francisco. Asimismo, una sola nave cubierta de tijerales y adornos a lo mudéjar, con presbiterio en bóveda cruzada como fue moda hasta los fines del siglo XVI siguiendo la tónica de la Iglesia San Francisco de Asís de la ciudad de Lima. En la actualidad, se conserva de todo lo que fue este edificio, solo 8 pilares con sus respectivos arcos y dos de sus fachadas, dichos arcos se sostienen con la ayuda de pilares. Además, todavía perdura la torre de 40 varas de alto.

Regular. Es posible reconocer las características principales del recurso turístico, aunque con limitaciones debido a las condiciones climáticas y del tiempo. Asimismo, la municipalidad Distrital de Zaña, realiza jornadas de limpieza de maleza y mantenimiento.

La Iglesia de San Francisco, por su ubicación respecto al río, sufrió más que las otras edificaciones religiosas, y parece que fue abandonado mucho antes que el de San Agustín y la Matriz, por eso en 1766, cuando los agustinos y el cura rector de la Matriz se aferraban a reparar sus iglesias, se decía que el de San Francisco “existía derrotado”; y de la ciudad en su conjunto se afirmaba que estaba “en ruinas” por el total exterminio de dicha ciudad a causa de la presencia destructora de las aguas que se experimentaron en los años 1720 y 1728.