Construido aproximadamente en 1761 y entregado a la población en 1783, de estilo barroco andino. La fachada principal, con disposición de dos cuerpos y tres calles, delimitada por un arco sobresaliente que protege el frontis tipo retablo, al medio destacan la puerta principal y encima de ella una hornacina de medio punto, flanqueada en los laterales por 6 columnas. En el lado izquierdo se yergue la torre o campanario de dos cuerpos y al medio de ellos cornisamentos pequeños, remata en una pequeña naranja coronada de chapiteles y cuatro vientos. La cubierta de la nave, originalmente de teja, fue sustituida con calamina. En la pared lateral izquierda un ingreso, con puerta con arco de medio punto entre dos contrafuertes, la madera enchapado de bronce, flanquean el acceso dos columnas que en sus ménsulas están decoradas con flores de acanto en alto relieve, encima de ellas dos columnas simples, al medio una hornacina y encima de ella una cruz. El cura José Pantigoso y Vera decía; “la iglesia es Santuario célebre porque tiene una admirable y milagrosa efigie del Cristo Crucificado que visitan y frecuentan los fieles de todas las provincias” Luego, se edificó un nuevo suntuoso templo de cal y canto, de una nave, toda de bóveda con estructura de quincha y tumbadillo, con sus capillas, hornacinas a modo de crucero, cornicería, resaltería, arquería y basamentos, coro y dos tribunas por fuera de sus dos portadas, dos torres, su linterna al centro de la iglesia, coronada de remates y chapiteles fabricada todo de realce y obra prima. En 1761 el cura de Vilque Blas Castellano y Moreno, hizo algunos arreglos y tenía en obra el retablo que se estaba dorando, posteriormente empezó obras mayores el párroco Francisco Xavier de Herquinigo. 1788 el párroco Manuel de la Peña Montenegro reconstruyó el templo, es probable que 1783 fechas consignadas en la cartela del sotacoro indica la conclusión de la obra, posteriormente el equipamiento fue lento con diversas variaciones En 1817 se agregó tres altares: uno de Dolores, otro de San José, y el mayor con frontis tallado y dorado y sagrario con espejos. En 1838 se agregó los altares del Carmen, Mercedes y Rosario, destacando que el altar mayor tenía pilares salomónicos de hermosa talladura. La portada; con columnas y cornisas labradas de piedra de cantería. Se abrieron dos ventanas para que sirvan como claraboya al sagrario y claridad del altar, se blanquearon las bóvedas. También se había construido un panteón a espaldas de la iglesia a su Sotavento, cercado con adobe cerca a la capilla, esta tiene un atrio de 5 arcos de adobe, la capilla bien techada con madera, su cubierta en la portada tenía un cuadro de un esqueleto y sobre el altar un lienzo nuevo. En 1839 se emprendieron nuevas obras en el retablo del señor de Vilque, calzadura de bóvedas en la sacristía, contra sacristía y bautisterio. En 1846 el cura Narciso Laguna solicita y obtiene licencia para vender la platería del templo para la construcción de un altar mayor. En febrero escribía “se construye con el mayor entusiasmo el nuevo altar mayor de piedra blanca, para estucarlo a expensas de doña María del Rivero, e informa que la plata labrada se destinara al Tabernáculo”. Para la obra se trajeron “alarifes y maestros de Arequipa”, en 1866 se componen los muros del panteón y se forma una división para un parvulario, en 1847 arribo del Cuzco el maestro escultor Pedro Campana para retocar las imágenes. En 1875 el pintor José Orellana arreglo imágenes, 1876 el cantero Mariano Ticona reteja el templo, en 1879 se inicia la refacción del panteón, con los albañiles Leandro Pacori, Mariano Quispe y Pablo Parizaca. En 1888 se hizo la portada de cal y piedra del panteón, el albañil Cutipa y Mariano Fernández Silva blanquearon la portada principal del templo.

Fue declarado Patrimonio Cultural de la Nación mediante la R.S. Nº 2900-72-ED de fecha 28 de diciembre de 1972. Este Templo tiene una de las portadas más tardías del altiplano, aunque no consta que fue cierre del periodo de la arquitectura collavina.

Regular; son necesarios trabajos de mantenimiento y puesta en valor de la infraestructura, imágenes, pinturas y su órgano de fuelle

Ubicado a 34 km de la ciudad de Puno. En sus inicios Vilque fue organizado como parroquia de Mañazo, comenzó a alcanzar auge en función de las importantes ferias que congregaban arrieros artesanos y agricultores del alto Perú, de Tucumán e inclusive de Chile, duraba 15 días. Era considerado como un célebre santuario y uno de los más concurridos, debido a la admirable y milagrosa imagen de Cristo Crucificado, hoy es visitado por fieles de toda la región. En este templo cada 3 de junio se celebra la Fiesta Patronal de Pentecostés.