Erigida en el Supay Kancha o “cerco del diablo, su construcción estuvo inspirada en el barroco andino, fue construida en advocación a la Virgen de la Inmaculada Concepción en el siglo XVII, alrededor del año 1669 bajo la dirección del cura Silvestre Valdez, participaron alarifes indios, mestizos y misioneros cristianos. Su altura aproximada es de 30 metros, su ancho de 10 metros y la portada central de 15 metros; cuenta con tres puertas de acceso, la del frontispicio y dos laterales ornamentadas con hermosas decoraciones. Entre 1750 y 1757, el alarife Simón de Asto concluye la fachada principal; a finales del siglo XVIII, hacia 1794, se hizo el mantenimiento y refacciones sobre la obra original, se cambiaron muros, cubiertas, y la primera planta renacentista mudéjar por la actual de cruz latina barroca de estilo románico. La planta del edificio obedece a la invariante barroca de la cruz latina, con dos sacristías dispuestas sobre los brazos del crucero, un pequeño camarín relacionado con el culto mariano de la Inmaculada, que está situado en la cabecera de la capilla del presbiterio. La cubierta, trabajada en sillares, es una bóveda de medio cañón con lunetos y arcos fajones; un sencillo entablamento recorre el interior y sirve de separación a los arcos y pilastras lisas en que se apoyan. La cúpula adopta la forma característica de la región, incluye en su exterior pequeños contrafuertes pareados. Su portada principal está distribuida en 3 calles laterales y dos cuerpos, presenta columnas salomónicas sobre pilares de sección ortogonal, relieves labrados en granito, en ellos se ha hecho derroche de ornamentación, con predominio de motivos andinos (flores de pantipanti y misicu, aves, monos, pumas, picaflores y adornos de cogollos y hojas andinas). El primer cuerpo está alineado en base de tres triángulos a su eje vertical, lleva por cúspide lógica la imagen del Padre Eterno, audaz escultura cubierta por la paloma del espíritu Santo, significativamente representa a la santísima trinidad, quienes asisten a la coronación de la Virgen María; al final del eje, está en un recuadro la imagen del arcángel San Miguel, entregado a su eterna tarea de matar al demonio. El segundo cuerpo de la portada del nicho y la purísima está constituido por los relieves de San Pedro y San Pablo, principales pilares de la iglesia de Cristo, a la izquierda están San Gregorio Magno y a la derecha San Jerónimo una de las esculturas de mayor personalidad, se sobreponen sobre cada uno de los santos dos sirenas que en los intercolumnios están plácidamente tocando sus pequeñas guitarras o charangos. La puerta principal está formada por un arco de medio punto sobre dos pilares; se aprecian dos vanos de ventanas de corte trunco. La cruz del frontis ubicada bajo la torre izquierda, es muy venerada y festejada en el mes de mayo por los devotos, quienes afirman que es muy milagrosa. Su interior presenta un altar mayor de marmolina, primorosos encajes en columnas y ventanales, en el altar mayor destacando las columnas espirales, grandes pinturas con marcos dorados obras de pintores mestizos e indios, lugar donde en su interior se veneran las imágenes de la Virgen de los Remedios y el Señor del Quinario o el Señor de la Bala, que fueron llevados al altiplano en los primeros años de la colonia. En general muestra una impresionante composición de formas, dibujos, líneas y luces en una distribución serena de columnas, entablamentos y arcos. Muros desnudos y matices cromáticos rojos, amarillentos y negruzcos añaden un toque ornamental. Desde su atrio se aprecia una escalinata de diez peldaños que descienden a la Plaza Mayor de Puno. Su singular infraestructura, arquitectura y su ubicación estratégica cerca de la Plaza Mayor lo convierte en un lugar prioritario para visitar por motivos religiosos y culturales. Los turistas acuden a explorar la historia, el arte y la vida religiosa que este lugar ofrece.

Acoge en su seno al Cristo de la Bala, único en el Perú, tallado en madera en el Siglo XVI.

Ostenta el Rango de Basílica Menor por Bula papal del Papa Paulo VI, con fecha 13 de octubre de 1965. Declarada como Patrimonio Histórico Cultural de la Nación del Perú, mediante R.S. Nº2900-72-ED, el 28 de diciembre de 1972.

Bueno, la Dirección Desconcentrada de Cultura de Puno, le da mantenimiento temporal, sin embargo es necesario su puesta en valor para su preservación y conservación.

En 1930 un incendio destruyó la Catedral y se perdieron tallas y figuras de incalculable valor. Un 06 de mayo de 1964 fue inaugurada nuevamente, tiene una zona de enterramiento que se encuentra al costado izquierdo del altar mayor, donde reposan los restos del Ilustrísimo Monseñor Julio Gonzales Ruiz, antiguo Obispo de la Diócesis de Puno.