Edificación cuyos orígenes se remontan al siglo XVI, debe su nombre a Don Tomás de la Bodega y Quadra próspero comerciante del Virreinato del Perú padre de Juan Francisco de la Bodega y Quadra, destacado marino y explorador peruano del siglo XVIII, miembro de la Real Armada Española descubridor de la Isla Quadra y Vancouver, hoy denominada Isla Vancouver - Canadá. Este museo se encuentra en una antigua casa que pasaba desapercibida hasta que los arqueólogos Daniel Guerrero y Miguel Fhon encontraron debajo de sus capas de relleno vestigios de antiguos asentamientos virreinales del Centro Histórico de Lima. El museo consta de dos niveles y el área arqueológica se halla a cuatro metros de profundidad del nivel de superficie. Actualmente presenta siete salas de exposición donde se aprecia la evolución arquitectónica de la casa en relación al espacio y su relación con los objetos arqueológicos encontrados de la época virreinal y republicana; así como la reseña histórica de Juan Francisco de la Bodega y Quadra. En el primer piso se hallan las salas de exposición 1,2 y 3. En las salas 1 y 2 se expone parte de que lo que fue Lima a fines el siglo XVI e inicios del siglo XVII. En tanto, en la sala 3 se resalta la presencia oriental a través de la porcelana china de la dinastía Ming, producto del comercio, los objetos religiosos virreinales y los utensilios de cerámica más usados en los siglos XVI, XVII y XVIII. En el segundo nivel se encuentran las salas de la 4 a la 7. En la sala 4 se muestra los distintos tipos de cerámica denominadas “mayólicas” (cerámicas vidriadas polícromas con decoraciones florales) y metales ambos del siglo XVII y XVIII hallados durante la excavación. En tanto, en la sala 5 se expone una diversidad de objetos que nos permite reconstruir parte de la vida cotidiana de la época republicana en Lima. La sala 6 es toda una muestra de lo que fue el siglo XIX y se muestran losa inglesa, francesa, escenas paisajísticas y trabajos en madera y cuero rescatados en la zona. En la sala siguiente, la número 7, se muestra la historia de Juan Francisco de la Bodega y Quadra y las fotografías que narran el detalle del proceso de recuperación y puesta en valor de esta importante casona. La casa conserva la distribución arquitectónica virreinal del siglo XVIII, caracterizada por los espacios de pilastras, balcones, corredores, patio y zaguán. El área arqueológica se halla en la parte posterior del inmueble, según las investigaciones arqueológicas a fines del Siglo XVI se ubicaron aquí el Rastro y la primera carnicería principal de la Ciudad de los Reyes, así como también un área de depósito de granos de trigo denominado “la alhóndiga”. Esta zona arqueológica abarca un área de 940.41 m2. Actualmente el Museo de Sitio Bodega y Quadra pertenece a la Red de Museos del Centro Histórico de Lima, se halla inscrito en el Registro Nacional de Museos Públicos y privados, y sus piezas constituyen bienes materiales muebles en buen estado de conservación.

Según el arqueólogo Rolando Arciga (2016), es el único yacimiento arqueológico colonial y republicano, que muestra una casa republicana restaurada, en el Centro Histórico de Lima, que un tiempo perteneció a los jesuitas (hay un arco restaurado con la inscripción de esta orden). Debajo de esta casa hay restos de otra casa colonial donde se ha establecido un yacimiento arqueológico en el cual se ha encontrado restos de cerámica ming, sevillana, inglesa, médici, así como aretes oro, rubíes, objetos de cuero y madera de la época prehispánica y colonial; dando cuenta de la evolución de la ciudad.

Bueno, basado en los trabajos de excavación y restauración realizados entre 2010 y 2012, en virtud del acuerdo firmado entre la Municipalidad de Lima, la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo (AECID) y la Escuela Taller de Lima. El mantenimiento y cuidados se hallan a cargo de la Municipalidad de Lima.