Ubicado a 08 km. de Lambayeque, surge como resultado de investigaciones arqueológicas iniciadas en el 2006; abrió sus puertas el 19 de Setiembre del 2009; pertenece al Sistema Nacional de Museos del Estado. Su infraestructura rescata la fachada principal del “Templo de los Frisos” del Complejo Chotuna, con temática simbólica de los relieves con las serpientes bicéfalas, fauna terrestre y marítima, que genera en el visitante la impresión de acceder a un templo clásico de la arquitectura prehispánica, produciéndose a partir de este encuentro la revaloración de la tradición arquitectónica del ayer en el presente. Cuenta con un solo nivel, con una sala amplia dividida en tres secciones distribuidas paralelamente, conectados por espacios paralelos amplios para el recorrido y poder observar los materiales arqueológicos que son parte del mismo complejo, expuestos en las vitrinas empotradas alrededor del museo. La primera sección es un área pequeña donde se muestra 3 vitrinas, (2 empotradas y 1 tipo panel), ofrece una introducción general a la cultura Lambayeque y la importancia del sitio arqueológico Chotuna-Chornancap. La vitrina empotrada del lado derecho, muestra las fotografías con pequeña reseña de los primeros estudios del complejo Chotuna Chornancap, una fotografía ampliada como fondo, de la huaca Chotuna acompañada de un ceramio representativo de la cultura Lambayeque. Paneles informativos, maquetas y mapas que ayudan a los visitantes a ubicarse temporal y geográficamente. También, hay paneles de la ubicación geográfica del sitio que transmiten la cronología de la cultura Lambayeque en el norte del Perú. La segunda vitrina empotrada del lado izquierdo, se visualiza una fotografía ampliada del cuenco de plata, hallada en la tumba de la Sacerdotisa, con muestras de cerámica de la cultura Lambayeque tardío. En la vitrina tipo panel al lado izquierdo de la entrada, se exponen fotografías de la huaca Chornancap y el mural de una de las plazas del sector norte de Chornancap, alusivos a una danza ritual. Un panel tipo biombo separa la primera sección con la segunda, en su parte central un calado del cuchillo ceremonial Lambayeque conocido como Tumi, permite visualizar huaca Chotuna. Además, se exhiben cuadros de la reconstrucción de la tumba de la Sacerdotisa e imágenes donde se grafica las exequias del personaje Naylamp. La segunda sección, espacio central delimitado por muros de poca altura, encierran la exposición de la maqueta del sitio arqueológico de Chotuna y en un muro se expone una pintura en óleo de la sacerdotisa de Chornancap (mujer de la élite Lambayeque que vivió entre los años 1250 al 1350 DC) y este delimita la segunda y tercera sección, dejando un espacio amplio en los laterales para el recorrido y poder observar las cuatro vitrinas empotradas, dos al lado derecho que muestran hallazgos realizados en diversas temporadas de investigación en el complejo arqueológico, una presenta una ofrenda de un conjunto de cerámica de los periodos culturales Lambayeque, Chimú, Inca y Colonial. La otra muestra el entierro de un niño sacrificado, acompañado de un camélido bebé. La vitrina central, expone la técnica constructiva de una columna con relieve del frontis principal del templo de los frisos. Vitrinas empotradas del lado izquierdo, evidencia un entierro de un personaje adulto con ofrendas de cerámica asociados al periodo cultual Inca en el complejo arqueológico y la otra muestra una ofrenda de cerámica en miniatura asociada al entierro del sacrificador hallado en Chornancap. La tercera sección expone un ideograma del arribo de Naylamp, con algunos personajes inspirados en la leyenda de Ñaylamp, elaborados a escala natural, en él se observa al personaje principal seguido por su séquito de sirvientes y concubinas. El relato habla de la presencia emblemática de un caudillo conocido como Ñaylamp que arriba a las costas del distrito San José con su séquito y ordena construir un templo al que llamó Chot con su ídolo Yampallec.

Buen estado, por el mantenimiento periódico que se realiza.

El Director del Museo es el Arql. Marco Antonio Fernández Manayalle y el encargado de la Museografía o curaduría es el Arqueólogo Samuel Aristóteles Castillo Reyes. Esta obra fue construida gracias al valioso aporte de la Municipalidad Provincial de Lambayeque y el Programa Construyendo Perú; la implementación estuvo a cargo del Museo Arqueológico Nacional Brüning, con el financiamiento de la Unidad Ejecutora N° 111 Naylamp – Lambayeque.