El pueblo de Carabayllo se originó tras la fundación de Lima, cuando se dividieron las tierras entre los españoles que participaron en la conquista, y se le concedió el pueblo como encomienda al primer encomendero de Carabayllo, Domingo de la Presa. El responsable de su fundación fue el funcionario español Juan Martínez Rengifo, siendo el pueblo producto de las reducciones indígenas de Sevillay, Sutca, Guancayo, Collique, Guaraví, Chuquitanta, Macas, Zapan y Quiví; pueblos que antiguamente conformaban el antiguo señorío Colli. De acuerdo con la Ordenanza municipal N° 321-A/MDC, aprobada el 26 de diciembre de 2014, se reconoce y precisa la fecha de fundación histórica del distrito de Carabayllo, el 29 de junio de 1571. Durante el Virreinato, y parte de la república, durante más de trescientos años, el pueblo de San Pedro fue el eje de la administración política, religiosa y económica del valle de Carabayllo, y desde entonces, se ha consolidado como capital del distrito. El pueblo aún conserva construcciones representativas, siendo la más emblemática, la iglesia de San Pedro, cuya edificación comenzó a finales del siglo XVI y culminó a principios del siglo XVII. Es una de las construcciones más antiguas de Lima y donde el arzobispo de Lima, Toribio de Mogrovejo, ofició misa en 1593. Actualmente, la iglesia de San Pedro de Carabayllo ha sido declarada Patrimonio Monumental de la Nación, según Resolución Ministerial N° 0928-80-ED, del 23 de junio de 1980, por lo que, cuenta con refacciones e intervenciones para su debido mantenimiento. Otras construcciones históricas, se observan en la Plaza Principal del pueblo, tales como el busto de Ramón Castilla, obsequiado por el Ministerio de Guerra en conmemoración al 97 aniversario del distrito, el cine municipal, el cementerio y viviendas que aún están construidas con adobe y quincha.

Es el único pueblo de Lima Norte producto de la Reducción-Ancón, Santa Rosa, Carabayllo, Comas, Puente Piedra, San Martín de Porres, Independencia y Los Olivos- que conserva en su parte central, el diseño arquitectónico colonial, trazado en el año de 1571. Quispe, E y Tácunan, S. (2011)

Regular, el mantenimiento y cuidados del Pueblo en general es realizado por la Agencia de San Pedro de Carabayllo de la Municipalidad Distrital de Carabayllo junto a los vecinos del distrito. En cuanto al cuidado y administración de la Iglesia está a cargo del Sacerdote presidido por la Diócesis de Carabayllo.