Inaugurado en 1993, gracias a los ingresos de los festivales de Ancón que se llevaron a cabo en cuatro temporadas de verano, con la apertura de la sala de exhibición permanente, que ofrece una visión global permanente del pasado histórico de Ancón. El museo tiene como objetivo la investigación, conservación, exhibición y divulgación del patrimonio arqueológico del distrito. Alberga más de 2 500 piezas halladas durante las excavaciones realizadas por el arqueólogo Federico Kauffmann Doig, entre las cuales se encuentran: cerámica, textiles y fardos funerarios, hallados en los sitios arqueológicos próximos, como el cementerio prehispánico de Pasamayo y en la necrópolis de Ancón. La colección se compone en su mayoría de piezas cerámica y textiles de estilo Chancay (1200 – 1470 d.C). Además, exhibe piezas de metal, madera y artefactos manufacturados a partir de valvas de moluscos y piedra. En el primer piso se encuentra la sala Horacio Alberti Nicolini, en donde encontramos una gran variedad de cántaros, platos, vasijas, keros y piezas con forma de animales. En la segunda parte podemos encontrar muestras de la cultura Chancay; tales como textiles, tallados en madera, piedra y metales. En el segundo piso del museo se encuentran fardos funerarios de diferentes culturas tales como Lima, Chancay, Wari y Huaura que pertenecieron a la Necrópolis de Ancón. Asimismo, en otro espacio encontramos fardos funerarios de infantes, textiles zoomorfos, cerámicos en miniaturas y un panel informativo con la cronología de las primeras personas que realizaron la excavación en la Necrópolis de Ancón. De igual manera, se tiene un ambiente relacionado con la pesca y el mar, en el que se aprecia cómo eran los antiguos pescadores y que herramientas que utilizaban (anzuelos, redes, cerámicos en forma de animales marinos). Pertenece a la Red de Museos del Perú y posee bienes culturales muebles en buen estado de conservación, la colección de bienes arqueológicos más completo sobre Ancón, uno de los complejos culturales arqueológicos de mayor trayectoria histórica de toda la costa central peruana, considerando los hallazgos arqueológicos registrados.

Bueno, porque la administración realiza trabajos constantes de mantenimiento y conservación.

En el año 2009, se desarrolló el proyecto de renovación museográfica del Museo de Ancón con la implementación de dos nuevas salas de exhibición, las cuales albergan la totalidad de las colecciones del museo para su exposición.