Se encuentra ubicado al Norte del tramo Chavín - San Marcos, a una altitud de 3180 m.s.n.m., fue inaugurado el 18 de julio de 2008. El museo presenta toda la evolución y desarrollo cultural de Chavín, desde sus orígenes alrededor de los 1200 a 200 años a.c. hasta sus últimas ocupaciones durante el periodo de las culturas regionales, en su interior cuenta colecciones relacionada con la arqueología y etnografía de la cultura Chavín. Este importante museo pertenece a la Red de Museos del Perú y cuenta con las siguientes trece salas de exposición: Primera sala “introducción” en la que se hace mención al gobierno Japonés; Segunda Sala denominada “Chavín en proceso de formación”; Tercera sala denominada “Innovación, tecnología y Planificación”; Cuarta Sala exposición de 32 Cabezas Clavas originales cuyo material principal fueron piedras en toba volcánica, en caliza y en arenisca, se piensa las cabezas clavas revelarían los estados de percepción alterados que experimentaban los chamanes o sacerdotes, luego de ingerir potentes sustancias psicoactivas como el “Cactus San Pedro” o inhalar la “Willca”. En cada una de las cabezas, se observa que los rasgos humanos se van transformando en los de un ser mitológico con características de felino; Quinta sala: Maqueta de arquitectura ceremonial del Monumento Arqueológico de Chavín; Sexta Sala denominada “el esplendor del arte mítico en la que se encuentran 7 cornisas y las lápidas”; Séptima sala denominada “Centro ceremonial de los hallazgos” en la que se hallan los tumpus y las cerámicas con diferentes formas: cuerpo globular, cuello corto, color negro y rojizo con representaciones de frutas, platos (cerámica utilitaria), botellas con asa estribo y jarrones con cuerpos globulares encontrados en las galerías del Monumento Arqueológico; Octava sala: música para los dioses, dónde se encuentran las 18 caracolas aproximadamente; Novena sala en la que halla el Obelisco Tello que fue descubierto en 1908, el cual representa a dos seres, una pareja mítica de dragones o caimanes con atributos femeninos y masculinos, tienen una figura con atributos, tanto de ave como de felino; décima Sala se ubica la réplica del Lanzón de Chavín el cual mide 4.53 m. de alto, está tallada en relieve y representa un ser con atributos humanos y zoomorfos. La cabeza tiene casi un metro de altura, sus ojos miran hacia arriba, las manos tienen cinco dedos, el brazo derecho está levantado con la mano abierta y la palma hacia el observador, mientras que el brazo izquierdo está hacia abajo, porta ornamentos como pendientes, brazaletes, tobilleras y una especie de falderin con adornos. La cabeza está decorada (con la cruz inca o chacana, y la larga cabellera está formada por serpientes en movimiento); Onceava sala denominada “Galería de las ofrendas"; Doceava sala denominada “El final de Un gran Culto”, en la cual se halla la réplica de la Estela Raimondi, el cual mide 198 cm de altura y 74 cm de ancho, representa la imagen de un ser antropomorfo felinizado, de pie, visto de frente, con los brazos abiertos sosteniendo una especie de vara o báculo en cada mano; Treceava Sala denominada “Chavín se sigue develando”, en el cual se distingue pinturas murales, el cual indica los primeros estudios científicos del monumento arqueológico realizados por Julio C. Tello, Luis Lumbreras S., Richard Burger, Jhon W. Rick, Rebeca Carrión C, Julio Espejo N., Henning Bischof, Hernan Amat O., Toribio Mejia X., Rosa Fung P., Donald Lathrap, Wilhelm Diesel y aportes locales como el de Marino González M., Humberto Hidalgo y Martín Flores G. Por otro lado, en el almacén del monumento por el momento se encuentra los últimos descubrimientos del arqueólogo Jhon Rick realizados en el año 2019, esto es un mortero con forma de cóndor y una vasija. Actualmente, las muestras son bienes materiales muebles que se encuentran en buen estado de conservación, cuya curadora es la arqueóloga Verónica Ortiz.

Cuenta con el Sello Internacional Safe Travels

Su estado de conservación es buena, debido al mantenimiento que recibe.