Esta laguna se encuentra enclavada al pie de los cerros Morrión, Sillagaga y Pucatoro, por su altitud se ubica en la región natural Suni, según la clasificación de Javier Pulgar Vidal, llegando a ocupar un área total de 15 hectáreas en épocas de mayor precipitación (enero a marzo), alcanza una profundidad aproximada de 2 a 3 metros en la parte central y menor profundidad en sus riberas pantanosas. El origen de sus aguas es de dos tipos. Por un lado, es de origen subterráneo, debido a la presencia de bofedales y manantiales cercanos, de donde emergen aguas cristalinas que desembocan en la laguna por los lados este y oeste. Por otro lado, es de origen pluvial, gracias a los riachuelos que la alimentan por el lado norte, provenientes de los bofedales de Warmicocha. En los últimos años, su volumen de agua se ha incrementado debido al embalse artificial construido en el lado sur. Sus aguas tienen una temperatura promedio de 16 °C. Presenta islas de totora (Scirpus riparius) en su parte centro y sur, donde anidan especies representativas como el pato andino (Oxyura ferruginea), pato común (Anas flavirostris), gallareta andina (Fulica ardesiaca), polla de agua común (Gallinula chloropus), gaviota andina (Chroicocephalus serranus), Garza Huaco o Garza Común (Nycticorax nycticorax) y otras aves migratorias que llegan temporalmente a esta laguna como la pariguana o flamenco andino (Phoenicoparrus andinus). En torno a la laguna también habitan especies como la huachua (Chloephaga melanoptera) y el leke leke o liclish (Vanellus resplendens) que se pueden avistar con mucha frecuencia. La flora que rodea la laguna es propia de la zona altina con presencia de diferentes especies de ichu o paja (Stipa ichu), agrupamientos de huamanpinta (Chuquiraga Spinoza) y áreas reforestadas recientemente con el pino. Cocón, según relatan los pobladores locales, es un lugar sagrado y mítico. Cuentan que en tiempos antiguos habitaba estos parajes una mujer llamada Mama Cocón, conocedora y guardiana de las fuentes de agua, quien enseñaba a su pueblo a respetar la naturaleza. En una época de escasez llegó un hacendado codicioso que intentó arrebatarle sus tierras y desviar los manantiales para su ganado; entonces las siembras comenzaron a morir y los pastos a secarse. Mama Cocón, mediante ofrendas y cantos, pidió a los cerros que protegieran el agua de su pueblo, mientras el hacendado ordenaba cavar y destruir los bofedales en busca de los cursos de agua perdidos. Al ver profanados los manantiales, los Apus tutelares se enfurecieron y cubrieron el valle con una densa niebla. Ante el temor de la gente, Mama Cocón se situó en el lugar donde antes brotaba el agua y comenzó a cantar hasta que la Madre Tierra respondió. Al día siguiente, donde antes hubo bofedales y llanuras, apareció una laguna, pero no había rastros de Mama Cocón. Se dice que ella habita en estas aguas protegiéndolas y que, en noches de luna llena, aún se escuchan sus cantos; por ello los pobladores le ofrecen ofrendas en memoria de su sacrificio. A menos de un kilómetro de distancia se encuentra el anexo de Cocón, por lo que este espacio es conservado y protegido por la comunidad local. Su principal uso es turístico y recreativo, ya que los fines de semana recibe visitantes con regularidad. Asimismo, constituye una fuente importante de abastecimiento de agua para las actividades ganaderas y agrícolas del anexo de Cocón y del poblado de Calca, además de ser una cabecera de cuenca relevante para los distritos de Palcamayo y Acobamba. Por estas características tanto naturales como míticas, Cocón es uno de los principales recursos turísticos de la zona, que se complementa con los sitios arqueológicos de Choquemarca, Yaumanpata y Murallapunta y se encuentran en el mismo recorrido conformando una experiencia de naturaleza y cultura en un mismo corredor vial que se puede visitar en un solo día.

Su estado de conservación es bueno al encontrarse en terrenos de propiedad de la Comunidad Campesina de Palcamayo. Sin embargo, sus aguas son utilizadas con frecuencia por la junta de regantes de Calca, lo que provoca descensos abruptos en el nivel del agua y puede afectar a las diversas especies de aves que habitan la laguna.

En épocas precoloniales, Cocón habría tenido una importancia especial para los asentamientos prehispánicos de Choquemarca, Yaumanpata y Murallapunta, al constituir la principal fuente hídrica de esta subcuenca del valle de Palcamayo.