Es una de las áreas naturales protegidas más importantes del mundo por su gran biodiversidad. Tiene una extensión de 1 716 295.22 hectáreas, en donde es posible distinguir tres pisos ecológicos: Alto Andino, Selva Alta o Ceja de Selva y Selva baja; por lo que presenta diversos climas, que van desde el frío y seco, hasta templado y húmedo. Fue establecido para proteger parte de una zona con mayor biodiversidad del planeta, desde las montañas de los Andes orientales hasta las zonas bajas de la cuenca occidental del Amazonas, esta región es conocida como Hotspot de la biodiversidad de los andes tropicales, ya que presenta uno de las mayores biodiversidades del mundo y lo convierte en uno de los destinos primordiales de visita para cualquier turista amante de la naturaleza. El Manu contiene gran diversidad de especies animales: más de 1030 especies de aves como el águila harpía (Harpia harpyja), jabiru (Jabiru mycteria), espátula rosada (Platalea ajaja), el ganso del orinoco (Oressochen jubatus), el gallito de las rocas (Rupicola peruviana) y 27 especies de psitácidos entre loros y guacamayos; 228 especies de mamíferos, entre ellos 15 especies de primates como el mono choro (Lagotrix lagotricha) y el maquisapa negro (Ateles chamek), 8 especies de felinos como el jaguar (Panthera onca), el tigrillo (Leopardus pardalis), y otras especies representativas como el lobo de río (Pteronura brasiliensis) y el oso de anteojos (Tremarctos ornatus), así también se encuentran más de 100 especies de murciélagos; 150 especies de anfibios, 100 especies de reptiles como el lagarto negro (Melanosuchus niger), lagarto blanco (Caiman cocodrilus), la tortuga taricaya (Podocnemis unifilis), 210 especies de peces, 1037 especies de mariposas, 136 especies de libélulas, 650 de coleópteros y más de 300 especies de hormigas. Esta gran diversidad también se refleja en la flora registrada, con más de 5000 especies de plantas equivalentes a 1/6 de toda la flora del mundo, entre ellas más de 700 especies de orquídeas y especies de árboles representativos como el cetico, el cedro, el aguano, la lupuna o ceiba, el mata palo, el shihuahuaco, la caoba, ishpingo, entre otros. En el ámbito del Parque Nacional del Manu, también se encuentran poblaciones originarias como las comunidades campesinas que mantienen la lengua quechua como su lengua materna y varias poblaciones nativas amazónicas que habitan este territorio desde tiempos inmemoriales, como son los pueblos Matsigenka, Amahuaca, Yaminahua, Piro, Amarakaeri, Huashipari y Nahua. Parte del pasado cultural de estos grupos está conservado por los petroglifos de Pusharo, en el sector del río Palotoa y por los restos arqueológicos de Mameria. El sector turístico del río Manu comprendido entre los Puestos de control Limonal y Pakitza, es el sector del Parque que recibe la mayor afluencia de turistas en la selva baja, donde existen servicios y facilidades turísticas implementados para el uso de los turistas. Los principales atractivos turísticos con los que cuenta el Parque lo constituyen las cochas Salvador, Otorongo, Brashco (con un sistema de trochas e instalaciones turísticas de uso compartido) y cocha Juárez (con un sistema de trochas e instalaciones de uso exclusivo), alrededor de las cuales se concentra la oferta de actividades de los operadores de turismo, también se cuenta con el Centro de Interpretación en el Puesto de control Limonal.

El Parque Nacional del Manu es una de las áreas naturales protegidas más biodiversas del planeta, debido a su gradiente altitudinal que inicia desde los andes a 4000 msnm hasta la llanura amazónica a 250 msnm, pasando por los bosques de nubes en la vertiente oriental de los andes.

Área importante para la conservación de aves (IBA). Patrimonio Mundial de la UNESCO. Patrimonio Natural de la Humanidad. Patrimonio Cultural de la Nación (Pusharo). Zona núcleo de Reserva de Biósfera. Referente Natural de la Región Andina.

Muy bueno, su conservación se encuentra a cargo del Sernanp.

De diciembre a febrero, meses durante los cuales tienen lugar la mayor descarga de lluvias del año, la experiencia demuestra que es difícil que el visitante disfrute de la naturaleza y de los atractivos del Parque, al menos en la magnitud en que lo hace en la época seca. La inundación del bosque ribereño dificulta la visibilidad de la fauna, mucho más fácil de ver en temporada seca. El incremento de riesgos para el visitante es otro rasgo característico de la temporada de lluvias, pues el caudal de los ríos aumenta y la navegación se torna más riesgosa; por los fuertes vientos ocurren caídas de árboles. La época de lluvias permite que exista un período de recuperación de trochas y sitios de uso turístico.