Este río nace al sur de la ciudad de Rioja a la altura del Caserío Belén y recorre hacia el norte aproximadamente 30 Km. hasta desembocar en el río Tonchima. Debe su nombre a la tribu de los Uquihuas que habitaron la zona en la época incaica y que los españoles encontraron cuando fundaron la ciudad de Rioja en 1782. Muchos de los apellidos de esta etnia aún perduran en la ciudad de Rioja. La microcuenca que lo alberga tiene diferenciadas 3 zonas: la zona alta de la naciente en los contrafuertes de la cordillera oriental con una altitud que llega hasta los 1800 msnm, donde está ubicada la Zona de Protección y Conservación Uquihua Cuchachi (ZPCE U-C) con un recorrido del rio de Aprox. 10 km; la zona media entre los 840 y 1200 msnm con un recorrido del rio de Aprox. 8 km; y la zona baja, a 840 msnm, donde el rio discurre en la llanura del Valle del Alto Mayo con un recorrido Aprox. de 12 km hasta su desembocadura en el rio Tochima, que es tributario del rio Mayo. El régimen del rio depende de las estaciones: en época de verano entre mayo - octubre su caudal promedio es de 2m3/sg , tiene un ancho promedio de 8 m con una profundidad media de 1m con zonas denominadas “pozas” que llegan a los 3 m. de profundidad y en los meandros de su recorrido en la zona baja se forma playas de arena fina y blanca; en la época de lluvias noviembre – abril, el caudal aumenta hasta 15 m3/sg y el nivel del agua se incrementa hasta 3m. El rio Uquihua corre con una velocidad de 0.6 a 1.2 m/sg y es navegable en canoas y pequeñas embarcaciones durante todo el año. En época de verano sus aguas con transparentes con una coloración marrón que es peculiar en los ríos de la selva, que se origina por la pigmentación de las raíces y horjarasca que el rio lava en su recorrido; la calidad de sus aguas y el alto contenido de nutrientes que lleva hace que albergue una variada fauna ictiológica como bagres, cotolos, anchovetas, carachama, tilapia, yucrillas (pequeños camarones), que atrae a pecadores con anzuelo que se dan cita todas las tardes a sus orillas. En la faja marginal la flora representativa son los yacushimbillos, renacos, maronas(bambu) y otros.

Buen estado, ya que la Municipalidad Provincial de Rioja se encarga del mantenimiento y ornato del área.

Sirve de escenario para desarrollar actividades culturales en la Fiesta de San Juan.