La Iglesia Matriz de Jauja es un monumento arquitectónico religioso de significativo valor histórico y cultural para la ciudad. Según fuentes documentales, fue edificada alrededor de 1565, cuando la ciudad fue trasladada desde el centro administrativo inca de Hatun Xauxa (actual distrito de Sausa) a su ubicación actual, treinta años después de la fundación realizada por Francisco Pizarro. Durante el establecimiento del nuevo asentamiento, las autoridades del Cabildo asignaron solares en la nueva urbe y reservaron un espacio en la plaza principal para la construcción de la iglesia. La edificación presenta una planta en forma de cruz latina, realizada en piedra calcárea y adobe, lo que le confiere notable grosor a muros y columnas. A partir de 1681 se tienen los primeros registros documentales del templo, destacando al mismo como uno de los mejores ornamentados del valle por sus pinturas, retablos y ornamentos, según el dominico Juan Meléndez. Durante los siglos XVIII y XIX, la iglesia fue objeto de diversas refacciones, destacando las realizadas en 1696 por el cacique Lorenzo de Surichac registrada en una inscripción pétrea en el pórtico del templo. Posteriormente la instalación de retablos de la Virgen del Rosario en 1722 y del altar mayor en 1729, así como la construcción del coro y la pila bautismal en 1781. Los registros históricos indican cambios en las torres del templo, destacando en 1824 la existencia de dos torres de piedra y en 1838 la representación gráfica de una sola torre por Léonce Angrand (muestran al templo solo con la torre izquierda). Con la llegada de los padres Canónigos Regulares en 1914, se realizaron la restauración del altar mayor en 1928, la construcción de la torre derecha entre 1947 y 1948, el cambio del piso del templo en 1960 y la remodelación de la fachada con nueva ornamentación en 1977. El templo se caracteriza por un estilo barroco andino con intervenciones neoclásicas que le confieren un diseño único en el valle. La fachada presenta una sola puerta flanqueada por esculturas de ángeles en relieve del artista Wenceslao Hinostroza, arcos de medio punto y columnas decorativas, así como un mosaico italiano de la Virgen del Rosario. Las torres de piedra albergan el campanario en la torre izquierda y el reloj en la torre derecha, ambas cubiertas por cúpulas rematadas con cruces de acero. Al interior del templo se aprecia cinco secciones diferenciadas. La primera está referida al coro que ubicado en un segundo piso del pórtico del templo, sostenido por doce columnas pertenecientes al sotacoro que representan a los doce apóstoles, el cual posee un órgano tubular; la nave central, con diez altares de mármol que albergan imágenes de santos como San José, San Antonio, el Señor de la Justicia y Santa Teresa; en el transepto se observa una bipartición de los laterales, con retablos barrocos de imágenes del Señor de la Buena Muerte, Virgen Dolorosa, Santa Rosa de Lima y Virgen del Rosario; en el crucero se aprecia el púlpito, arcos de medio punto decorados con pinturas de los cuatro evangelistas y la cúpula con escudos y blasones de órdenes religiosas. El altar mayor, de estilo barroco y decorado en pan de oro, alberga las imágenes de la Virgen Chapetona, San Miguel y Santa Fe, aunado al sagrario donde se guarda la custodia del Corpus Christi. Además, conserva dos pinturas de la Virgen María ejecutadas con la técnica de la escuela cusqueña del siglo XVII. La Iglesia Matriz de Jauja, año a año se convierte en la sede de diversas actividades religiosas y patronales, entre las que destacan: la festividad patronal de San Sebastián (18 al 20 de enero), la Semana Santa (fecha movible: marzo–abril), la festividad religiosa del Corpus Christi (fecha movible: junio), la festividad del Señor de la Justicia (tercer sábado de junio) y las festividades patronales de la Virgen del Rosario y la Virgen Chapetona (primer domingo de octubre).

La Iglesia Matriz de Jauja se encuentra reconocida como Patrimonio Histórico Inmueble por el Instituto Nacional de Cultura mediante la Resolución Jefatural N° 515, de fecha 11 de agosto de 1989. Asimismo, la misma institución incluyó a la iglesia dentro del Centro Histórico de Jauja, declarado Zona Monumental mediante la Resolución Directoral Nacional N° 906, del 17 de diciembre de 2003.

El espacio arquitectónico de la Iglesia Matriz se encuentra en muy buenas condiciones, ya que cuenta con mantenimiento permanente de su infraestructura por parte de la comunidad parroquial.

La Iglesia Matriz de Jauja es uno de los principales atractivos históricos y culturales de la ciudad. Considerada el recinto religioso más antiguo de los Andes centrales, lugar donde se iniciaron las primeras labores de evangelización en el valle. En su interior se conservan valiosas efigies religiosas que, hasta hoy, cobran vida durante las tradicionales festividades patronales, reflejando la profunda fe y riqueza cultural de Jauja. Arquitectónicamente, el templo cautiva por sus retablos finamente decorados, realzados con metales preciosos como el pan de oro, un detalle artístico poco común en otras iglesias coloniales de la región. Estos elementos convierten a la Iglesia Matriz de Jauja en una visita imperdible para quienes desean apreciar el arte, la historia y la espiritualidad en un solo espacio.