La Reserva Nacional de Junín está ubicada en los Andes Centrales del Perú, abarca el lago Junín, que se constituye como el segundo lago más extenso del país, así como los territorios contiguos, con una extensión de 53,000 hectáreas. Se encuentra a 4,100 m.s.n.m., en la ecorregión Puna Húmeda dominada por totorales, bofedales y pajonales; específicamente en la meseta de Bombón, abarcando los distritos de Carhuamayo, Ondores y Junín en la provincia de Junín, así como Ninacaca y Vicco en la región Pasco. El clima corresponde al piso inferior Puna, donde la temperatura oscila entre los 3° y 7° C; siendo el período más frío entre los meses de mayo a setiembre. La precipitación anual promedio es de 940 mm, siendo el periodo de diciembre a abril el más húmedo, mientras que entre junio a setiembre presenta un volumen mínimo de precipitación pluvial. El origen de la planicie que alberga al área natural protegida, se remonta a las últimas glaciaciones (durante el Pleistoceno 12,000 a 15,000 años atrás). En el extremo norte, los glaciares convergieron desde la cordillera a ambos lados de la altiplanicie y los depósitos morrénicos formaron un dique en esta zona. En el extremo sur, abanicos de deposición dificultaron el drenaje formándose el lago Junín. La Reserva tiene como objetivos la conservación de la flora, fauna silvestre y belleza escénica del Lago Junín y busca contribuir al bienestar de los pobladores del ámbito de la Reserva conservando sus recursos naturales para un aprovechamiento sostenible. Su clima y geografía permite el desarrollo de alrededor de 155 especies vegetales de 120 familias; destacan los pajonales densos y el césped de puna, dominados por el ichu (Stipa ichu) y chilwares (Festuca dolichophyla), vital para la ganadería local; también se encuentran bofedales, que albergan plantas como el cuncush (Distichia muscoides), planta vergonzosa (Gentianella sp) y Gentiana sedifolia, así como totorales en las orillas del lago, especies representativas que incluyen el taulish (Lupinus brachyphyllus), sillu sillu (Alchemilla diplophylla) y la yareta (Azorella diapensíoides). Esta flora es esencial para la conservación del hábitat y el sustento de la fauna local; igualmente, algunas de estas especies se utilizan de manera tradicional, entre ellos la totora que sirve de forraje para el ganado vacuno, además es utilizado en la zona rural para el techado de sus viviendas, así como para la elaboración de artesanía local. La riqueza en las aves migratorias, endémicas y residentes hacen que el lago albergue un aproximado de 149 especies; siendo las más representativas el zambullidor de Junín (Podiceps takzanowskii) y la gallineta de Junín (Laterallus Tuerosi), ambas categorizadas en peligro de extinción según la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza - UICN, asimismo, el flamenco chileno (Phoenicopterus chilensis), pato puna (Spatula puna), gallareta (Fulica Ardeseaca), garza blanca (Ardea alba) entre otros. El anfibio como la Rana de Junín (Telmatobius macrostomus), es también una especie amenazada. También el lago es hogar de una variedad de peces como chalhuas y bagres, así como para mamíferos como el zorro (Lycalopex culpaeus), cuy silvestre (Cavia tschudii) entre otros. La Reserva Nacional de Junín, cuenta con el mirador de Conoc y Comaq Punta, ofreciendo singulares vistas panorámicas para los visitantes. Allí también se encuentran iglesias como la de San Pedro de Pari y San Juan Ondores, que se constituyen en joyas coloniales; permite además observar vestigios de caminos preincas, así como algunos tramos de Camino Inca o Qapaq Ñan entorno al lago, mientras que actividades como la observación de aves y el senderismo enriquecen la experiencia; cuenta además con un Centro de Interpretación ubicado en la plaza principal del pueblo de Ondores, las misma que brinda información sobre la flora y fauna local. El área natural protegida combina naturaleza y cultura, convirtiéndola en un destino imperdible.

La Reserva Nacional de Junín, alberga al zambullidor de Junín (Podiceps taczanowskii (Berlepsch y Stolzmann, 1894), especie endémica del Perú, que se encuentra únicamente en el lago Junín; no existen subpoblaciones naturales o artificiales en otros lagos altoandinos (Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú – SINIA), Pagina 253 https://sinia.minam.gob.pe/sites/default/files/sinia/archivos/public/docs/libro_rojo.pdf), por lo cual se considera a esta especie única en el Perú. Asimismo, se encuentra la gallineta de Junín (Laterallus jamaicensis tuerosi) (Fjedsá 1983), también especie endémica del Perú. Esta ave solo ha sido observada a orillas del lago, (Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú – SINIA), Pagina 214; además alberga a dos anfibios endémicos como la rana gigante del Chinchaycocha (Telmatobius macrostomus) y la wancha (Telmatobios brachydactylus) (Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú – SINIA), Pag. 150.

La Reserva Nacional de Junín ha sido designada como Sitio RAMSAR por la Convención RAMSAR (Acuerdo internacional que promueve la conservación y el uso racional de los humedales), el 20 de enero de 1997. La Reserva Nacional de Junín, fue establecida con Decreto Supremo N° 0750-74-AG de fecha 07/08/1974, forma parte del Sistema Natural de Áreas Protegidas por el Estado bajo la jurisdicción del SERNANP.

Su estado de conservación es regular, por la contaminación del espejo de agua por la zona norte debido a relaves mineros que ingresan por el río San Juan y de áreas circundantes por efecto de aguas servidas de los diferentes centros poblados ubicados alrededor de la Reserva Nacional de Junín.

La Reserva Nacional de Junín, ubicada en la meseta del Bombóm, en una extensa altiplanicie situada sobre el Nudo de Pasco, donde convergen las cordilleras del norte y del centro, la mayor parte ocupada por el lago Junín o Chinchaycocha; se constituye como el segundo más grande en extensión y el más alto del Perú, este humedal se constituye como un ecosistema de alta productividad debido a su ubicación, características y condiciones geomorfológicas e hídricas, originando por lo tanto un interés nacional e internacional por estas características” (Plan de Manejo con Fines de Conservación de las Especies de Aves Amenazadas del Lago Chinchaycocha pág. 17), El lago Junín tiene el reconocimiento como Áreas Importantes para la Conservación de las Aves (IBAs), publicado el 2005 por BirdLife International & Conservation International con el código PE077.