El Museo Municipal de Iquitos fue fundado el 1 de marzo de 1974, se encontraba ubicado en la calle Tavara con Fitzcarrald, dentro de la ciudad de Iquitos. En el año 2002, se traslada al Parque Zonal, ubicado en la Jirón Yavarí cuadra 12, denominada como Museo Ecológico Municipal, donde se exhibía a través de “Dioramas” (sitios que imitan ambientes naturales) complementadas con exposiciones temporales como fotografías, xiloteca, ictiológicas, exposiciones de ejemplares de fauna taxidermistas, etc. que permitió enriquecer el conocimiento de la compleja naturaleza.
En el año 2014 la Pontificia Universidad Católica-PUCP, trabajó en diseños que minuciosamente gracias a la asesoría de destacado gestor cultural Luis Repetto Málaga se pudo consolidar un museo representativo en la Amazonía.
El Museo Iquitos cuenta con dos pisos; primero se expone la época del caucho, los inicios de la ciudad de Iquitos, información de riqueza de la biodiversidad, el paisaje, y paneles infográficos, se exhibe el par de manguare hembra y macho, que es instrumento de comunicación de los pueblos originarios ancestral, en una dimensión original, piezas de artesanías de comunidad étnica secoya y shawi, esculturas en fibra de vidrio, en madera, diseñadas por el escultor contemporáneo César Alvan Gil, con las obras: La familia Kukamira, armadillo, chullachaqui, ser mitológico, la sirena encantada, maquetas representativas de los buques de la armada peruana amazónica, Ucayali, Marañon, Loreto, Amazonas, el Morona y el Pastaza que datan desde 1984.
En el segundo piso, se proyecta desde la transformación de la ciudad, la decadencia del caucho, la explotación de las haciendas e hidrocarburos, junto con hechos históricos como la presencia de la Marina de Guerra del Perú en los conflictos con Colombia y Ecuador. Cuenta con una sala de exposición temporal, se visualiza las obras de los artistas pintores con la obra" La Runamula", "La perlita de Iquitos" autor, Gino Ceccarelli Bardales, y la artista, Maela Santillana, obra "Reflejos de rostro humano", zona de reconocimiento de música, cine, sala de exposición permanente de artistas loretanos como: Cesar Calvo de Araujo (pionero de la pintura amazónica), Cristián Bendayan Zagaceta (Pintor de talla internacional) "presenta colección de figuras representativas de selva amazónica: (cutipado, pishcota, huitoto ahorcado etc.), Fernando Ríos Rodríguez, obra "limpiando el ornato de la ciudad". Sala de exhibición de bebidas medicinales exóticas de la selva: 7 raíces, 21 raíces, corre que te enchufo, siete veces sin sacar (7 vss), ojé (látex natural para desparasitar), uña de gato, tabaco(mapacho), ayahuasca. Etc.
Sin duda es un espacio de mucha historia y aprendizaje, reflejados en afiches, un tablero con los discos de long play, cd’s y casetes. De la misma manera, en una vitrina intercultural, habita un chamán que atenderá a los turistas que busquen medicina alternativa. Al frente de esta vitrina, hay un enorme panel con una línea de tiempo y los acontecimientos más importantes de Iquitos en sus 160 años y los infaltables murales del artista Cesar Calvo de Araujo, con la obra, el "Descubrimiento del río Amazonas" y la "Fundación de Iquitos".
El Museo Iquitos, tiene una infraestructura buena y una implementación regular, mantiene servicios básicos de agua, suministro eléctrico, desagüe, servicios higiénicos, debidamente señalizada, inclusiva, brinda el acceso a personas con discapacidad, guiado en lenguaje de señas.