La Iglesia Colonial San Pedro de Ninacaca inicia su construcción desde el año 1580, por una compañía Jesuita y con algunas etnias participantes como los mitimaes de Chachapoyas, quienes fueron traídos por los incas, y los Yaro. La iglesia tiene un plano arquitectónico occidental y una construcción que combina elementos y técnicas andinas de los Chachapoyas y Yaro (diseños en formas geométricas, animales como divinidades y techo de paja), así mismo combina elementos españoles (pan de oro y altar de madera). En 1626, la iglesia fue consagrada con el nombre de su patrón: San Pedro. Para ese entonces, la iglesia era de una sola nave y tenía muros de piedra. Lamentablemente, un 16 de diciembre de 1983 a las 3:50 PM la iglesia sufre un incendio debido a la caída de un rayo, que destruyó el techo de paja y gran parte de su altar mayor. La iglesia tiene una arquitectura andina donde se plasma la cosmovisión de las divinidades andinas prehispánicas y culto a dioses andinos. En la parte de externa de la iglesia, entre el camino de ingreso y la fachada, se puede apreciar divinidades como el dios del rayo o illapa y arriba de la puerta se encuentra al dios sol o inti. Tiene también en su diseño plasmado al jatun cocha (gran laguna) y al uchui cocha (pequeñas lagunas). De igual manera está el Liviac o Tumay Ricapa (actualmente Raco) que son divinidades de los Yaro y Chinchaycocha, la serpiente (Amaru o Machacuay) que son divinidades que ayudan al calendario agrario y el Jatun Mayo que es el río del cielo. El patio de la iglesia está rodeado por una muralla de piedra de 2 metros de alto por 20 centímetros de grosor, en ella se encuentran 3 esquinas cada una con una pirámide de piedra cuadrangular, triangular y circular, estas representan a las etnias que habitaron en el Tahuantinsuyo: Colca, Yanayacu y Edca. Al lado izquierdo del patio se encuentra la torre de los lamentos y perdón, donde antiguamente se castigaban las faltas de conducta como el adulterio. La iglesia estaba rodeada por un cementerio del siglo XIX y principios del siglo XX y como prueba de ello se encuentra un monumento detrás de la iglesia, según se dice que está enterrado parado el soldado Bedoya que luchó en las pampas de Junín por órdenes de Simón Bolívar y también se encuentra la tumba de un cura enterrado llamado Carlos Ayala Taguado, nacido en Huanta y falecido en Ninacaca. El interior de la iglesia destaca por su altar mayor con retablos de estilo Barroco, Rococó y griego romano elaborado a base de madera y bañado en pan de oro como los altares laterales, el púlpito y el coro. En el altar mayor encontramos las imágenes de los santos como San Pedro, San Juan, Santa Rosa, la madre Santa Ana y como santo principal el patrono del distrito San Pedro. Dentro de la iglesia también podemos encontrar el Bautismario, que era utilizado por quienes deseaban bautizarse o contraer nupcias La entrada principal de la Iglesia es una puerta de rejas de fierro hecha de madera noble. Al lado hay una torre de piedra que tiene un total de 12 metros de altura, cuenta con dos campanas de bronce que datan de la misma época de su construcción y con un techo de paja de 1.50 metros de altura. Asimismo, la construcción de sus paredes tiene una altura de 10 metros de alto, 70 metros de largo y 70 metros de ancho aproximadamente. Actualmente, la iglesia continúa realizando misas todos los domingos y permite la visita guiada a sus diferentes espacios. Se puede observar también que cuenta con plantaciones decorativas de pino y quinual.

Declarada Monumento Histórico Nacional un 14 de octubre de 1941 a través del Congreso de la República, mediante la ley N°9401.

Muy bueno, se encuentra bajo el cuidado del párroco quien se encarga de la limpieza y manteniendo. Así mismo cada 6 años se realiza el mantenimiento total del techo con las pajas extraídas del caserío de Chupana.

La iglesia forma parte de las siete iglesias construidas en la Meseta del Bombón durante la época colonial. Hasta el día de hoy cuenta con un techo típicamente andino, cubierto de paja natural que están amarrados con soguilla de cueros llamados “Tinto” hecho de cuero de ovino, vacuno y caballar.