El Templo de San Cristóbal, ubicado a pocas cuadras de la Plaza de Armas, en la zona más alta del Centro Histórico del Cusco, fue construido en el siglo XVI por el Cacique Paullo Tupac Yupanqui, noble inca convertido al cristianismo. Al adoptar el nombre Cristóbal Paullo, ordenó edificar el templo como símbolo de su nueva fe, conservando dentro de él un "Ushnu", espacio ceremonial sagrado inca donde se realizaban ofrendas a la tierra.
Se erigió sobre una de las terrazas del antiguo Palacio Inca de Qolqampata, donde aún se conservan once nichos orientados al norte, alineados con Inti, el dios Sol. Se cree que estos nichos fueron creados para albergar restos de la nobleza inca. San Cristóbal es el templo más alto de Cusco.
Su arquitectura es de estilo renacentista, con una nave alargada de planta en cruz latina, construida en piedra y adobe. Tiene tres capillas dedicadas al Patrón San Cristóbal, al Señor de la Fortaleza y al Señor de la Caída. En el extremo sur se levanta una torre campanario de piedra caliza con ocho ventanas, una cúpula y pináculos decorativos, que ha resistido los sismos de 1650 y 1950.
En su interior, el techo a dos aguas fue construido con la técnica de par y nudillo. Posee un coro en la parte posterior y un altar mayor de dos niveles, decorado con columnas y abundante ornamentación. En el segundo nivel del retablo se encuentran varias pinturas y la figura de la Virgen. Sobre este, un relieve de Cristo corona el conjunto. A los lados hay pinturas de San Miguel Arcángel, el martirio de San Pedro, Salomé y Herodes.
El templo está conectado al sistema vial incaico Qhapaq Ñan, que une la plaza principal del Cusco con Sacsayhuamán. Hacia 1560, el virrey Andrés Hurtado de Mendoza, mediante el licenciado Juan Polo de Ondegardo, elevó la capilla a parroquia para indígenas. Tras el terremoto de 1650, fue reconstruido por el arquitecto Marcos Uscamayta con fondos del obispo Manuel de Mollinedo y Angulo, cuyo escudo se conserva en la base de la torre. Solo la torre, las puertas que dan a la plaza de Qolqampata y el coro fueron construidos en piedra; el resto, en adobe.
Desde 1972 forma parte de la Zona Monumental del Cusco y fue declarado Monumento Histórico del Perú. En 1983, al incluirse en el centro histórico, pasó a ser parte del Patrimonio Cultural de la Humanidad (UNESCO).
El retablo mayor es barroco, elaborado en cedro y cubierto en pan de oro. De tres calles y dos cuerpos, posee cinco nichos, un tabernáculo, lienzos y una corona con la figura del Padre Eterno, sostenido por pilastras de madera doradas.
El templo alberga 38 lienzos de la Escuela Cusqueña, entre ellos: Virgen Inmaculada, Nuestra Señora del Pilar, Ascensión de la Virgen, Cabeza de San Juan Bautista, El Triunfo de la Iglesia, Señor de la Columna, Santiago el Menor, San Miguel Arcángel, Cristo Crucificado, San Francisco de Asís, Pasmo de Sicilia, Coronación de Espinas, Tránsito de San José, Desposorio de la Virgen, San Pablo Ermitaño, Espejo de la Vida Cristiana, Señor de los Temblores, y Presentación del Niño.
También cuenta con 21 esculturas con base de maguey y técnicas como tela encolada, esgrafiado y brocateado. Entre ellas están: San Juan Apóstol, Virgen Dolorosa, Cristo Crucificado, San Simón, Santa Catalina de Siena, San Lorenzo Mártir, San José, Virgen María, San Joaquín, Santa Ana, Ángel de la Anunciación, Santo Sepulcro y el Niño de Praga.
Destaca especialmente la escultura de San Cristóbal, de gran tamaño, obra del escultor Juan Tomás Tuyru Tupac. Esta imagen barroca fue realizada con base de maguey, ojos de vidrio y dentadura de oveja, lo que le da una apariencia única y es la figura principal en la festividad del Corpus Christi.